黃氏運氣理論的推算方法和《內經》相比非常獨特，不但天運的算法不同，年內周期和超年周期都是按照七十二卦來推演，而且人身的象數理論依據也不同。傳統的運氣理論以九星為中心，重視對七政的天文觀察，著重考察日月的運行規律。黃道周的運氣理論在這一點上根本拋棄了《內經》的思想，直接以日（太陽）、歲（木星）二者為陰陽樞紐，此論與現代天文學暗合。

　　意  義

　　除了上述內容以外，黃氏《三易洞璣》等書中論述的中醫基礎理論，還涉及三部九侯、脈診、夢診等內容，也有很多創新之處。這些有關中醫理論的論述，不但在明末，乃至在當代也都有重要的啟發意義。

　　一是在傳統學術體系的基礎上去認識和理解中醫學。中醫學在傳統上被稱為方技，其主要的科學方法就是象數。所謂學究天人，天人合一，是由于天文因素對地球生命系統的決定性影響，明確了首先需要建立天文學的術數系統。這是黃氏所處的時代，傳統中醫學學術范式所決定的研究思路。這一點，啟發我們今天的中醫學界對于傳統學術的繼承，應該自覺補課，特別是應該開展醫易研究，在傳統學術體系的基礎上去認識和理解中醫學。

　　二是中醫學基礎理論需要去偽存真。黃道周對于中醫學的經典理論描述，具有獨特的視角。根據自己對于天文學和象數的研究，作者認為《黃帝內經》等中醫古籍有不當之處，不能盲從。這和大多數中醫學者自宋以來的遵經學風大有不同。宋人校書，于醫經功過兼有，并且是功大于過。至于后人尊經乃至死于句下，并非前人之過。中醫學的基礎理論的確需要去偽存真，堅持實踐的理性，這啟發我們中醫基礎理論的研究工作應該把醫經放在一個既崇高，需要標榜，又理性，可以修訂的合理的位置上。

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