由于各派氣功修煉的目的不同，其各自的理論體系也有很大的差異。在醫療氣功方面，《黃帝內經》對氣功理論進行的論述，較為全面、系統。《素問·上古天真論》之“恬惔虛無，真氣從之，精神內守，病安從來”？闡述了氣功（尤其是靜功）的作用原理，其基本精神在《素問·異法方宜論》、《靈樞·賊風》等篇中，也時有反映。后世醫家結合自身的練功體會和醫療實踐，從不同的側面對此進行了補充，使之逐漸完善。在儒家氣功方面，以孔孟為代表的儒家人士，在推崇靜神養生方法的同時，也將他們的“中庸之道”融入氣功理論中，松靜自然、練養相兼、準確活潑等練功原則中，無不深深地烙上了“中庸”的印記。中醫氣功學中的“和”，也是儒家“中庸”之道影響、滲透的結果。此外，作為儒家經典之一的《周易》中以卦象及其變化為核心的哲學思想，更是氣功說理的基本工具之一。在佛家氣功方面，釋家的“禪定慧”與養生家“靜以養神”之間、密宗的“三脈四輪”與中醫經絡學說之間相互補充，成為諸家氣功理論中共同的一部分。在道教氣功方面，內丹（周天）修煉的理論，可能是道教人士對氣功理論貢獻的集中體現。

　　總之，無論何家氣功，其基本理論總體上是以陰陽、經絡、精氣神學說為主，兼及臟腑、氣血津液等，并結合《周易》的陰陽消長、卦象變化為依據，加以闡述。她與中醫藥學的基本理論有極高的相似度，兩者都屬于自然科學的范疇，又有社會科學的特征，同時又均受到古代哲學的深刻影響。因此，科學的理論指導，是氣功的基本內涵之一。

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