(1)說明人體的病理變化
中醫學認為疾病的發生，是人體的陰陽關系由于某種因素之影響而失去相對的平衡協調，從而出現偏盛偏衰的結果。疾病的發生、發展，關系到邪正兩方面，正氣與邪氣，以及它們相互作用、相互斗爭的關系，都可以用陰陽來予以概括說明。
病邪有陰邪、陽邪之分，正氣則包括陰精與陽氣兩部分。所以，病理上的陰陽失調，多表現為陰陽某一方面的偏盛偏衰，且一方面之異常，亦必影響及另一方面。例如陽邪致病，可導致陽偏盛而傷陰，因而出現熱證；陰邪致病，則可導致陰偏盛而傷陽，因而出現寒證；陽氣虛損不能制陰，則可出現陽虛陰盛的虛寒證；陰液虧耗不能制陽，則可出現陰虛陽亢的虛熱證。所以，《素問》說："陰勝則陽病，陽勝則陰病。陽勝則熱，陰勝則寒。"又說："陽虛則外寒，陰虛則內熱，陽盛則外熱，陰盛則內寒。"因此，盡管疾病的變化復雜，但就其陰陽屬性來說，亦不外陽盛、陰盛、陽虛、陰虛等四大類病變而已。
另外，機體陰陽任何一方虛損到一定程度，亦常導致對方之不足，即所謂"陽損及陰"和"陰損及陽"，最后則可導致陰陽兩虛，氣血雙虧，此即慢性病常見之病理發展過程。
(2)說明人體的生理功能
中醫生理學認為，人體正常的生命活動，是陰陽兩方面對立統一協調平衡的結果。人體的生理功能，一方面表現為機體防御邪氣侵襲的整體衛外功能，另一方面則表現為臟腑組織的功能活動。
從機體的防御機制來說，陽在外，為保護人體內部組織器官的衛外機能；陰在內，則為陽的物質基礎，并為陽不斷地儲備和提供能量補充。
從臟腑功能活動來說，則五臟主藏精氣為陰，六腑能消化、傳導飲食水谷為陽。而每一臟腑之中又各有陰陽，凡是功能活動則屬陽，而產生這些功能活動的器質和營養物質則屬陰。如心有推動血液循環和主持精神意識思維活動的功能，此種功能屬陽，而心血、心臟器質則屬陰；肝有調節血量和精神情志的功能屬陽，而肝血、肝臟器質則屬陰；脾有運化水谷，輸布精微，以及統攝血液循行的功能屬陽，而脾的津液、脾臟器質則屬陰；肺有主氣司呼吸，協助心臟推動血行的功能屬陽，而肺之津液、肺臟器質則屬陰；腎有藏精生髓，主生殖發育，主持水液代謝等功能屬陽，而腎精、腎臟器質則屬陰。關于六腑，亦是如此，其功能屬陽，而每一腑的器質則屬陰。
對于人體整體生理上的陰陽關系，則主要強調其協調和平衡。如就人體機能狀態而言，則機能興奮屬陽，機能抑制屬陰；功能亢進屬陽，功能減退屬陰。而在生理活動中，興奮和抑制、亢進和衰退等是互相拮抗的，并保持著相對的平衡狀態。又如陽氣和陰精的轉化，陰精是化生陽氣的物質基礎，而陽氣的作用又是在不斷地產生著陰精，因而陽氣和陰精，相互轉化，相互為用，并保持著相對的平衡。故《素問》說："陰平陽秘，精神乃治。"
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