中國古代醫學理論體系的形成，經歷了由萌芽到成熟，由簡單到復雜、由紛亂到統一的歷史過程。中醫學在春秋時期已產生了一些概念和簡單的理論認識，而到《內經》時代則形成了比較系統的理論。中醫理論的形成，不僅是以春秋戰國時醫家們的實踐經驗為基礎的，當時的自然哲學也發揮了相當重要的作用。

　　臟象學說是關于人體臟腑形態功能及其與人體其它組織器官相互關系的中醫生理學說。
　　臟腑的形態與名稱：《內經》之前和各種現存的和出土的醫學和非醫學文獻，尚無系統論述人體臟腑的形態結構者，不過到春秋時期，對臟腑的認識有了顯著的進步。《史記·扁鵲倉公列傳》所載扁鵲和虢中庶子的對話中已明確提到了“臟”、“五臟”的概念。并有“胃腸”、“三焦”、“膀胱”等名稱，表明公元前6～5世紀人們對臟腑的認識已有所進步,同時“五臟”概念的提出也表明當時醫家已經注意到了五臟在形態結構上的特征。《靈樞·經水》:“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而視之。其臟之堅脆、腑之大小，谷之多少，脈之長短，血之清濁，氣之多少……皆有大數。”《靈樞·腸胃》對人體消化道的各個部分，包括唇、口、舌、咽、胃、回腸（即小腸）、廣腸（即大腸）的位置、長度、廣度、重量、形狀、遞接關系等一一具體描述，這無疑是當時實際解剖觀測結果的記錄；若以所述大小腸長度與食管長度的比例為35∶1，而現代解剖測為37∶1為例，說明當時的解剖觀測是有一定依據的，已達到了一定的水平。《內經》對其它臟器形態結構位置的有關描述，無疑都是解剖觀測的結果。尸體解剖的實施為臟象學說的形成奠定了基礎。
　　《素問·五臟別論》：根據人體內臟的形態結構及其功能特點將它們區分為三類：五臟——肝、心、脾、肺、腎；六腑一膽、胃、小腸、胃、大腸、膀胱、三焦；奇恒之腑——腦、髓、骨、脈、膽、女子胞。由于其概念明晰，很快為醫界接受，并為后世所遵從。
　　關于五臟與軀體組織器官的關系：如《管子·水地》云：“脾生膈，肺生骨，腎生腦，肝生革，心生肉……脾發于鼻，肝發于目，腎發為耳，肺發為竅。”《文子·十守》則云：“肝主目，腎主耳，脾主舌，肺主鼻，膽主口。”說明戰國時期對五臟與驅體組織器官關系的認識尚處于多說并存階段。由于《內經》本身的理論比較系統，故逐漸統一起來。
　　《內經》還提出了臟腑相關的理論。它認為五臟六腑雖各有功能，但總體上卻是相互關聯著的，其一是認為五臟與六腑之間的表里陰陽相合，如：“肺合大腸”，“心合小腸”，“肝合膽”，“脾合胃”，“腎合三焦膀胱”，其二是認為五臟之間有相生相克的關系。

　　氣血精津液學說是關于人體生命物質的產主、分布、形態、運行及其機能等的中醫生理學說。這一學說發端于春秋，形成于戰國。集中地體現在《內經》一書中。
　　《內經》把人體內的一切精微物質統稱為“氣”。進而又把“氣”區分為性質各異的六種。分別稱之為“精”（狹義）、“津”、“液”"、“血”、“脈”。據《內經》有關內容可知：狹義的“精”是指主殖之精，即腎精：《內經》認為腎精是由五臟六腑之精氣匯集而成，當人發育到一定的階段，腎精滿溢，兩性交合，便可妊育新生命，故精是生成新的生命體的基始物質，所謂“人始生，先成精。”（《靈樞經·經脈》卷三）。狹義的“氣”是指由上焦宣發出來，呈霧露狀的、對人體有充養作用的水谷精微物質。《內經》認為，“氣”在人體中是無休止的運行著。《靈樞·脈度》所云：“氣之不得無行也，如水之流……其流溢之氣，內溉臟腑，外濡腠理。”（《靈樞經》卷四）。氣的流行不已，才能對身體各組織器官發揮滋潤濡養作用。
　　《內經》確立了氣血精津液學說的基本理論，一直為后世醫家所遵循。

　　經絡學說是關于人體經絡的循行分布規律及其功能的中醫生理學說。經絡學說的基本理論在《內經》中有較系統而全面的論述，這表明經絡學說是在從春秋到戰國的較長時期內逐步完善起來的。 　　
　　1、經絡學說的逐步完善
　　經和絡分別指經脈和絡脈，“脈”、“經”、“絡”的名稱在春秋時已經出現。據《史記·扁鵲倉公列傳》所載，扁鵲已經提到“脈”、“血脈”、“陰脈”、“陽脈”、“經”、“絡”等名稱，這表明當時“脈”已為醫家們所注意，而且他們對脈的性狀已有一定的研究，并認識到血與脈的聯系。
　　從長沙馬王堆漢墓出上的帛書《足臂十一脈灸經》和《陰陽十一脈灸經》可以看出，最遲春秋戰國之際，我國醫家已經大致認識了人體經絡系統中的十一對正經在體表的主要循行路線，并據其主要循行部位結合三陰三陽為其一一命名，它對經脈的描述雖然還十分簡單，但它們卻在認識人體經絡系統的道路上跨出了重要的一步，確立了經絡學說的雛型。
　　經脈是經絡系統中的主干，正經又是其中的主體，因而對正經的認識也就成為經絡學說的重點。從《足臂十一脈灸經》（以下簡稱《足臂》）到《陰陽十一脈灸經》（以下簡稱《陰陽》）再到《靈樞·經脈》篇（以下簡稱《經脈》），展示了春秋戰國時期醫家對人體正經的認識及其發展過程。
　　總之，在《內經》中，形成了經絡學說的基本理論。后世除在對奇經八脈的認識方面較之《內經》有所發展外，基本上都是遵循《內經》的定論，可以說中國古代經絡學說在《內經》時代已基本完善。
　　2、關于經脈系統發現過程的討論
　　經脈系統當初是如何被發現的？這是中國醫史研究至今爭論未決的難題。有人認為，經脈是由于古人在長期的生產生活及醫療活動中逐步發現人體有許多通過一定的刺激，如壓、按、刺、灸等可以治療病癥的點（即穴位），進而發現許多有相同或相近治療作用的點基本分布在一條線上，這一條條有相同治療作用的點的分布線就是經脈。有人則認為，經脈是通過“感傳”現象而發現的，即古人在偶然發現肢體某些部位受刺激后會產生脹、麻或似“氣行”等感覺沿著一定路線傳導的現象時，這一條條相對固定的感傳路線就被認為是經脈。還有人認為，經脈當初就是指血管，經脈的循行和分布是古人在可見（包括解剖）的血管循行分布路線的基礎上推想出來的。另外還有人認為，經脈是通過練氣功而發現的，當氣功練到一定的程度時便會體會到身體中有氣沿著一定的路線移行，這種氣行路線便是經脈。
　　我們認為，第一和第四種觀點不能成立。按照第一種觀點，應該是首先發現了很多穴位及其治療作用，才會有對“經脈”的認識，然而，歷史實事相反，已知最早的論述經脈的醫書《足臂十一脈灸經》和《陰陽十一脈灸經》中只有經脈循行部位的敘述，而沒有穴位記載，其灸法治病也只提“灸某某脈”而不說“灸某某穴”，足見“經源于穴”的說法是不能成立的。第四種觀點是在近幾年的“氣功熱”中產生的，它沒有充分的證據能證明先秦時期已有能使人體驗到自身氣行的氣功，先秦文獻從未提到練氣功與經絡的關系；同時，氣功師所感受到的“氣行”是循環連貫的（所謂“小周天”與“大周天”），而兩部《十一脈灸經》所記述的經脈循行卻未構成循環連貫的路線；《內經》所描述的十二正經及其分支和經別、奇經八脈、十五大絡等循行路線也絕非練氣功所能自我體驗到的。
　　經脈系統的發現當與“循經感傳”和血管有關。從《內經》對“脈”的論述可知，“脈”本來即指血管。
　　既然“脈”（經絡）原指血管，那么“經絡”的發現自然也就與血管的發現有關；體表觀察、觸摸和解剖觀測就是發現“經絡”的基本途徑。
　　但是經脈系統的循行分布與現代解剖學所發現的人體血管系統大部分并不相符，因而經脈系統不可能是完全通過觀測血管而發現，經絡系統也不等同于血管系統，“經絡”還包括了血管以外的人體組織或物質。經絡有“感傳”的特性，根據報道，循經感傳現象的出現率在20%左右，而且與古代經絡的循行路線基本相同。因此大部分經脈行路線可能是通過循經感傳現象而發現的。
　　至于經脈與臟腑之聯系的確定，一方面是在針（砭）灸臨床實踐中發現針灸某經脈能治療某臟腑的疾病，由此推論經脈與此臟腑有聯系；另一方面則是運用陰陽五行學說等自然哲學理論對臟腑經脈關系所作的理論上的推演。

　　病因病機學說是關于人體疾病產生的原因和疾病發生、變化機理的學說。中醫學的病因病機學說在春秋時已露端倪，而到戰國時則形成較為系統的理論。
　　1、病因學說
　　據《左傳·昭公元年》記載，春秋時秦國著名醫生醫和為晉侯治病提出：陰、陽、風、雨、晦、明等六種天氣現象的太過會導致人體發生疾病。醫和的“六氣”病因論開創了中醫外感病因學說的先河，是后世“六淫”病因論之濫觴。
　　《五十二病方》中有一些關于病因的記載。例如，該書認為外傷所引起的“痙”證是由于“風入傷”（馬王堆漢墓帛書整理小組《五十二病方》，36、40頁，文物出版社，1979年）引起的；“嬰兒索痙”是因“產時居濕地久”（馬王堆漢墓帛書整理小組《五十二病方》，36、40頁，文物出版社，1979年）即感染濕邪所致。此外，《五十二病方》所提到的病因尚有犬或狂犬咬傷、毒蛇和其它毒蟲咬傷、植物中毒、寄生蟲等等。
　　到戰國時期，人們對病因認識更為拓寬和加深，已從天氣現象、個人生活環境、飲食勞作、生活習慣、精神情志、社會環境等多角度探索病因，由此形成了更為科學的病因學說。這種病因學說在戰國諸子著作中也多有涉及。例如《韓非子·楊權》云：“夫香美脆味，厚酒肥肉，甘口而疾形” 。（《韓非子》卷二，1123頁，《二十二子》本）。
　　《內經》對病因有更全面更深入的論述。《靈樞·順氣一日分為四時》云：“夫百病之所生者，必起于燥濕，寒暑、風雨、陰陽、喜怒、飲食、居處。”（《靈樞經》卷七，71頁，商務印書館。）。概括了《內經》病因的主要內容，也就是說，《內經》所論述的病因內容主要有天氣因素（風、寒、暑、濕、燥、火）、情志因素（怒、喜、憂、思、悲、恐、驚）和飲食起居（飲食、勞逸、房事、起居等）三大方面，對于各種病因的致病特點，《內經》都作了不同程度的論述。
　　2、病機理論
　　病機理論的出現可以上溯到春秋時期。《史記·扁鵲倉公列傳》所載虢中庶子及扁鵲關于虢太子之病病機的論述，涉及到正邪斗爭及臟腑經絡氣血陰陽的失調。表明對病機的認識已上升到理論高度，病機學說已具雛型。《史記》同一篇還記載有扁鵲論齊恒侯之病每隔五日依次“在腠理”、“在血脈”、“在腸胃”、“在骨髓”。這是最早的疾病傳變論述。
　　到戰國時期，形成了比較豐富而系統的關于疾病發生、病理變化及其傳變過程的病機學說。這一學說在《內經》中有集中的論述。關于疾病的發生，《內經》認識到是體虛與外邪共同作用的結果，邪氣單方面并不一定致病，所謂“風雨寒熱不得虛，邪不能獨傷人”（《靈樞經·百病始生》卷十）；“邪之所湊，其氣必虛”（《黃帝內經素問·評熱病論》卷九。《內經》還認識到，疾病的發生與人的體質有關，不同體質類型的人，其所易患疾病是不一樣的，例如，《靈樞·陰陽二十五人》還將人的體質按五行分為五大類二十五小類，并指出了各種類型的人所易患之病及其發病時間。
　　生活環境與人的體質及其疾病之間的聯系在戰國時也已被注意到。《素問·異法方宜論》對東、南、西、北、中五方的地理環境及其人們的飲食生活習性與各方人們的體質及其易生之病之間的關系進行了具體的分析和論述。
　　《內經》還注意到了社會因素與發病的關系。
　　重視疾病的發生與四時更替、月相盈虧等天時的關系，認為人與天地相應，不僅人之生理機能隨天時而變化，而且疾病的發生和變化也受其影響。
　　關于人體在病邪作用下發病后的病機，《內經》也作了大量的論述，構成這一時期病機認識的主體內容。《內經》對病機的認識不僅涉及人體疾病的一般病理，而且還深入到許多疾病或病證的具體發病機制。關于人體疾病的一般病理，《內經》詳明地論述了人體臟腑、經絡、氣血的各種病變形式及外在癥候表現，如五臟六腑的虛實寒熱、氣機失調、經絡氣血凝滯、厥逆、十二經是動病和所生病，氣血不足、氣血逆亂、氣滯血菀等等。關于各種疾病或病證的具體病機，《內經》深入地分析和描述了痹、厥、瘧、風、傷寒、溫病、兩感、腎風、風水、酒風、消癉、鼓脹、腸蕈、石瘕、血枯、腸蕈、伏梁、息積、癰疽、瘰疬、陰陽交等數十種內外科疾病和病證，這標志著中醫對疾病的認識逐漸理論化和系統化。

　　春秋戰國時的“陰陽”概念有兩種意義，其一是指兩種基本的物質之氣，春秋時期人們已認識到陰陽之氣的正常與否關系到天象、氣候、物侯等自然現象的正常與異常。戰國時期的陰陽學說還著重闡述了陰陽二氣的盈虛消長、升降出入的運動變化規律及其對季節、氣候和物侯的支配性作用。
　　“陰陽”概念的另一種意義是指相互對立的兩種基本屬性，或屬性相反的兩類事物，或一個事物中屬性相反的兩個方面。如雌雄、上下、左右、南北、進退、動靜、生殺、強弱、明暗、寒熱等等，《易傳》云：“一陰一陽之謂道”（高亨《周禮注疏》卷五·544頁，齊魯書社，1979），即是對陰陽屬性的表述。由于陰陽屬性是相對的，故而在陰陽之中可以再分陰陽。《文子·微明》云：“陽中有陰，陰中又陽，萬事盡然，不可勝明。”（《文子纘義》卷七，《二十二子》851，852頁），即表述了這一思想。《左傳·昭公二十五年》云：“生其六氣，用其五行，氣為五味，發為五色，章為五聲。”（《春秋左傳正義》卷五十一）。這兩段話中的五味、五色、五聲、五節即是按五行將味、色、聲、節各分為五種以入五行之類，五行學說中的一條基本原理——五行相勝理論在春秋時也已產生。如《左傳·哀公九年》云：“水勝火”（《春秋左傳正義》，卷五十八）。《左傳·昭公三十二年》云：“火勝金”（《春秋左傳正義》卷五十三）可以為證。
　　戰國時期五行學說有進一步的發展，首先是提出了五行之所的概念。《呂氏春秋·應同》所載鄒衍“五德終始”論中提到了“土氣”、“木氣”、“金氣”、“火氣”、“水氣”，這便是五行之氣的概念。從鄒子的“五德終始”論中可以看出，五行之氣與五行歸類有著密切的關系：五行之氣分別支配著相應的五類事物；五行之氣也有五行相勝關系；五行之氣按相勝之序遞勝（旺盛），由此引起自然和社會現象的變化。戰國時期五行學說的另一個進展是明確了五行主時和五行方位的理論。
　　陰陽的概念在醫學中應用較早。醫和的六氣病因論即有陰氣和陽氣。《史記·扁鵲倉公列傳》所載扁鵲及虢中庶子之言中提到了“陽緩而陰急”（《史記》卷一百五，中華書局，1959）。“破陰絕陽”等語，既有表示屬性的“陰陽”，也有表示物質之氣的“陰陽”，表明在春秋時期陰陽的概念已用于分析人的生理和病因病理。《周禮·天官冢宰》醫師章有以五味、五谷、五藥養其病，以五氣、五聲、五色養其死生（《周禮注疏》卷五，見《十三經注疏》，666頁）之語，這顯然是運用五行概念來歸類，以診斷疾病的指導療養，所以五行概念應用于醫學當在《周禮》成書之前。
　　《內經》中系統地總結了當時自然哲學的陰陽五行學說。例如《素問·陰陽離合論》云：“陰陽者，數之可十，推之可百；數之可千，推之可萬；萬之大，不可勝數，然其要一也。”（《黃帝內經素問》卷二）。發揮了陰陽屬性的相對性及其無限可分性的思想。又如，先秦諸子著作對五行主時只論及五行所司季節和日期，而《內經》則進一步把五行主時落實到時辰，為建立和發展醫學理論服務。
　　《內經》中的陰陽概念也包括物質之氣，即陰氣和陽氣。基于天人相應的觀念，《內經》認為人身陰陽二氣與天地陰陽二氣呈同步一致的消長變化，認為人身脈象的變化與四時陰陽消長相應。脈象是人體氣血陰陽狀況的表現。脈象應四時陰陽即意味著人身陰陽與天地四時陰陽相應。《素問·脈解篇》還根據一年中天地陰陽的消長升降規律及其變異來解釋各月份人體易產主的病癥，認為人身陰陽與天地陰陽的消長升降完全時應相符。陰陽二氣失調，會導致疾病的產生。
　　《內經》中的五行概念也包括五行歸類和五行之氣兩種意義，《素問》將人體臟腑組織器官和情志、病癥等正常和異常的生命表現以及與人體有關的各種事物按五行進行了歸類，其主要內容可歸納如下表（表3－2）：

五行

五時

五方

五色

五音

五味

五臟

五腑

五官

五體

五邪

五畜

五谷

五志

五聲

木

春

東

青

角

酸

肝

膽

目

筋

風

雞

麥

怒

呼

火

夏

南

赤

徵

苦

心

小腸

血

脈

熱

羊

黍

喜

笑

土

長夏

中

黃

宮

甘

脾

胃

口

肉

濕

牛

稷

思

歌

金

秋

西

白

商

辛

肺

大腸

鼻

皮

燥

馬

稻

憂

哭

水

冬

北

黑

羽

咸

腎

膀胱

耳陰

骨

寒

彘

豆

怒

呻

　　《內經》上述五行歸類的理論意義在于運用五行學說來推求人體臟腑之間、臟腑與生命現象之間以及臟腑與體外事物之間的同類相區，五行相克和相生的關系，由此形成相應的生理、病因病理診斷和養生治療理論。 　　
　　《內經》的這一理論雖然失于機械，但它注意到了人體機能活動有時間節律性，這種節律與天地總體變比節律有統一性并影響到人體疾病的發生和變化，因此其思想是具有合理內容的。