二、《針灸甲乙經》
　　全名有時也稱《黃帝甲乙經》（《隋書·經籍志》）、《黃帝三部針灸經》（《新唐書，藝文志》等），現一般通稱《針灸甲乙經》。各書所載卷數不一，今本多取其自序所述的十二卷。
　　今本《針灸甲乙經》全書十二卷，一百二十八篇，其內容系擷取《素問》、《鋮經》（即《靈樞》和《明堂孔穴灸治要》這三部書的有關部分的精華，予以整理重編。
　　卷一至卷六，依次敘述人體的生理功能，包括五臟六腑、營衛氣血、精神魂魄、精氣津液及肢體五官與臟腑功能的關系等；其次是人體經脈、經筋等經絡系統的循環路線、骨度腸度及腸胃所受；再次是人體俞穴，依身體部位分部敘述其位置，主治，書中計敘述俞穴348個（其中單穴49個；雙穴299個）而不是如其所說的365穴，這些穴位是按頭、面、項、胸、腹、臂、股等部位排列的；很便于尋檢。每一穴均有針刺的深度、灸灼的壯數，再次敘述診法、重點介紹脈診的內容。尤其是三部九候；其后介紹針道，針灸禁忌，包括禁穴；最后介紹了病理及生理方面的一些問題，并以陰陽五行學說為綱進行闡釋。
　　臨床部分也是六卷，依次介紹內科（包括傷寒熱病、中風、雜病）、五官科、婦科、兒科等病癥的針灸治療，其中內科共43篇，有外感六淫、內傷七情、五臟病、六腑病、經脈病及五官病等，外科有三篇，主要論述癰疽，至于婦科及兒科，各有一篇各論述20種及10種該科病癥。
　　《針灸甲乙經》的著成，對于我國針灸學的發展起到極大的促進作用，宋、公元6～8世紀，中、朝、日之教學均規定為教授學生的必修課；宋、金、元、明、清重要針灸學著作基本上都是在本書的基礎上的發揮。國外早已有本書英譯本，對國外針灸學的發展也有重要的影響。

　　三、《肘后備急方》
　　本書原名《肘后救卒》，計三卷，東晉葛洪所著。今本《肘后備急方》共八卷，其內容主要是一些常見的病證的簡便療法，包括內服方劑、外用、推拿按摩、灸法、正骨等一些十分實用的內容。這部書雖號“肘后”，但卻包含相當多寶貴的醫學史料實用的方劑方法，有不少醫學史上的重要發明發現，對今天的醫療實踐具有重要的啟示作用。
　　他所描繪的“虜瘡”即天花，是外界傳入，并非我國固有，具有重要的醫學史價值。
　　書中還提到射工、沙虱、馬鼻疽等多種傳染病，論者認為所謂射工是對一種血吸蟲病的得病描述。而沙虱所描述的是恙蟲病，山有人認為這是血吸蟲病的得病過程。更可寶貴的是書中還指出這種沙虱鉆入皮肉后。如果以針挑取蟲子，正如疥蟲，著爪上映光方見行動也。這可證明當時已經認識疥蟲，它用疥蟲的大小，檢得方法來比喻沙虱，十分恰當。總之，《肘后備急方》一書，對古代幾種傳染病作了細致的描述在世界傳染病學史上占有重要的地位。
　　《肘后備急方》中專有一節討論“猘犬所咬毒”的處理。書中首先認識到猘犬（亦即狂犬）咬人的嚴重性，指出其潛伏朗和病程經過。提出治療狂犬病的方法計約二十種，其中有“仍殺咬犬，取腦傅之，便不復發”之法。這方法的寶貴之處在于它是以該狂犬的腦組織來敷貼傷口以預防狂犬病之發作，是一種免疫治療的思想萌芽。狂犬病毒原是親神經組織的病毒，在狂犬的腦組織中大量繁殖。用這種組織來治療狂犬病，如果說是在“以毒攻毒”的思想的影響下提出的，它也符合現代免疫治療的基本原理。
　　《肘后備急方》雖然都是一些簡便易得的治療方法，而這一部著作及其所宣揚的治療思想，似乎與一向認為正統的“辯證論治”的思想不相協調，因而使一些后代“正統”醫家認為不足輕重，甚至不值一提，不能登大雅之堂。然而，正是這些簡便易得的治療方法、方劑中涵有寶貴精華，應予以重視。如以青蒿治療瘧疾“以水二升漬，絞取汁，盡服之”，這也是長期經驗積累所得的珍貴結論。現代研究證明，青蒿中含有抗瘧作用十分明顯的青蒿素，是一種不耐熱的化學成分，因而雖然中藥一般都用煎劑，葛洪強調要生服其汁。青蒿素的分離研究導致了現代抗瘧史上的一大重要發現，（青蒿抗瘧的研究，載《中國中醫研究院三十年論文選》，中醫古籍出版社，1985）。又如書中有關腳弱病的記述，可以認為是最早的腳氣病的歷史，尤其是心臟型腳氣病的描述以及含有足夠的維生素乙來治療腳氣病等。

　　四、《名醫別錄》
　　原書早佚，但其有關內容仍可從后世的《大觀本草》、《政和本草》中窺知。陶弘景《本草經集注》的內容，365種系陶弘景錄自《名醫別錄》。
　　《名醫別錄》原書的收藥數目，應該在730種以上，因為這一數目是陶弘景在編錄成二部獨立的著作時篩選出來的，當時可能摒棄了一部分主觀上認為不用的藥物。從藥物的分類方法來看，仍然是《本草經》那種三品分類法，即按藥物的治療作用粗分上、中、下三品，同時在每一品之下，又粗略地將植物、礦物、動物等類藥大致做了歸類。
　　對每一種藥，本書都載有其正名、性味、主治、別名（或一名）、用法、用量、藥物形態、產地采集炮制法及七情畏惡等項目。這基本上與《本草經》是相同的。在《名醫別錄》中，個別藥味之后己附有方劑，如說”露蜂房，合亂發、蛇皮三味合燒灰，酒服方寸匕，日二，治諸惡疽、附骨癰，根在臟腑，歷節腫出，丁腫惡脈諸毒皆差，”這是本草著作中最早附有方劑的體例，為后世本草附方開創一個良好的實用開端。此外，《名醫別錄》中記載的藥物主治功效，有一些已經超過《本草經》，如桂可發汗，百部根可止咳等等，都是《本經》所無，故此書對于研究漢魏六朝的本草學有較重要的實用價值。

　　五、《本草經集注》
　　梁陶弘景撰，是根據《神農本草經》、《名醫別錄》的內容各365種，共730種編撰而成，也是本時期本草發展史上的一項重大成就。《本草經集注》存有兩種殘卷，一是出土于敦煌石窟的殘卷，一是出土于吐魯番的殘卷。
　　敦煌本殘卷只存一卷，也即“序錄”部分，原卷長十七米，正背兩面均書寫。1908年日本人桔瑞超及吉川小一郎受龍谷光瑞之命，在中亞細亞進行探險時，由敦煌攜往日本。此卷正面及背面小部分為其他文獻內容，背面有720行屬《本草經集注》的序錄，但缺卷首。據文字內容最末兩行寫有“開元六年九月十一日尉遲盧麟于都寫本草一卷。辰時寫了記”的記錄，羅振玉氏認為此段文字與原文書法不同而認為應是六朝時的作品。此殘卷1955年群聯出版社有影印本。
　　吐魯番出土的殘卷為一28.5×27厘米的殘片，卷上只有燕屎、天鼠屎的全文，及豚卵后半部的注文，還有鼴（鼠泉）的前部正文，應是《本草經集注》中獸類藥的部份內容。
　　此兩件一在日本龍谷大學（一說在英國倫敦博物館），一在德國普魯士學院。

　　六、《劉涓子鬼遺方》
　　《劉涓子鬼遺方》據說是晉末的劉涓子在丹陽郊外巧遇“黃父鬼”時所遺留的一部外科方面的專著，又稱《神仙遺論》。據《隋書·經籍志》所載為十卷，今本則只存五卷，后劉涓子后人傳與北齊龔慶宣而傳世，原書又你《癰疽方》，經龔慶宣整理后，成今本《劉涓子鬼遺方》。
　　有關外科癰疽方面的認識，魏晉以后，服石之風漸盛，癰疽的發病率大增。客觀上要求提高對癰疽病的認識和改進治療，《鬼遺方》正是在這個時期出現的，基本上是一部癰疽證的專著。此外，還涉及金瘡、瘀血、外傷治療，包括止痛止血，取出箭鏃等等，全書計載方140余首，其中治療金瘡外傷跌仆的方子共計34首；對癰疽的辨證論冶，尤其詳盡，可稱為現存我國最早的一部外癥癰疽及金瘡方面的專著。
　　書中對癰與疽首先從病機和癥象方面作了明確的鑒別，對癰疽等證的辨膿，已經十分精細。除辨別成膿與否以外，還特別指出發病部位與愈后的關系，說明嚴重癰疽癥引發全身性感染的預后嚴重。
　　《鬼遺方》在治療癰疽外證、石發中毒，都有較詳細的論述，它是根據癰疽的不同情況而給予辨證治療提出了許多解毒的治療方法。如對鐘乳石中毒，書中用“雄雞肘上血一合，將鐵粉湯一茶碗調服之”。又如丹砂發，書中用“黑鉛、黃芪、防風、伏龍肝各半兩，水一升，煎半茶碗去滓服之”。
　　《劉涓子鬼遺方》代表著我國南北朝時期外科的發展水平。
　　本書現存最早版本為北京圖書館所藏之宋代刻本，新疆吐魯番曾出土本書殘卷二頁。清代也有若干刻本，人民衛主出版社1956年出版仿宋刻影印本。

　　七、《小品方》
　　《小品方》又稱《經方小品》，是本時期一部重要著作。作者陳延之，生平失考。據學者考證約著成于公元五世紀下半葉之南朝宋齊間。
　　《小品方》，其具體內容在宋代已佚，1985年從日本尊經閣文庫《圖書分類目錄》醫學部中發現此書殘卷，其內容包括序、總目及卷一，使《小品方》恢復其全貌的可能性大大加強了。根據總目得知，全書共十二卷，除卷首有序文、全書參考書目，全書日錄外，其內容為：第一卷包括用藥合藥法、調三焦諸方27首及治胸痹等八種病證諸方，從第二卷至第五卷為治療各種雜病方，第六卷為治傷寒溫熱病方，第七、八卷分別為女子眾病及少小百病方，第九卷治服石諸證方，第十卷為外科瘡瘍折傷等方，第十一卷為本草，第十二卷則為灸法要穴。
　　《小品方》內容豐富，可謂唐以前的一部包羅廣泛的小百科全書，在當時具有相當影響，被視為與《傷寒淪》具有同樣重要意義的經典作品。同時又是一部門徑書，所謂“童幼始學治病者，亦應先習此《小品》，以為入門”。正由于此，在本書散佚之前，影響極大，唐太醫署規定《小品方》為學生心修課程。后來仿效唐制的日本的《大寶律令》及《延熹式》十分重視把本書作為教科書，要求學習時間長達300天，《千金方》、《外臺秘要》以及《醫心方》所引該書不少佚文中有不少獨創性的治療方法。如《外臺》引書卷十所載的既簡易而又是科學的測定井塚內有否毒氣的方法，是防止中毒的有效措施。又如《醫心方》所引的“療自縊方”，其方法極為詳盡，較張仲景《今匱要略》中所述者，已有所發展。
　　《小品方》自宋末后，就已亡佚，其佚文散見于后世增補之《肘后備急方》、《千金要方》、《外臺秘要》及《諸病源侯論》，此外，日本的《醫心方》及朝鮮的《東醫寶鑒》也錄有一些佚文。近代在日本發現本書的殘卷。現有輯佚本，于1983年由天津科技出版社出版。