二、《明醫雜著》
　　本書由王綸撰于嘉靖己酉（1502）。薛己言其“刊行有年”。但今未見原刊本，所見均為薛己注本，刊于1549年。現有弘治刻本、嘉靖二十八年(1549)刻本、萬歷刻本、日本正保二年、承應三年刻本，1985年江蘇科技出版社點校本等10多種。
　　王氏學宗丹溪，把朱、李(東垣)的學術經驗融合起來，參以本人心得體會和臨證經驗而成是書。全書共6卷。卷1～3為醫論及雜病證治，包括發熱、勞瘵、泄瀉、痢疾、咳嗽、痰飲等內科病，婦產科和五官科疾病等的辨證施治，分析了李東垣、朱丹溪的治法及方法等，眷4專論風證。卷5論小兒證治。卷6為附方。

　　三、《醫學正傳》
　　本書為虞摶所撰，成于正德乙亥(1515)。系據《素問》、《難經》要旨，參以諸家學說，博收廣集，旁通己意而成。于嘉靖辛卯(1531)刊行。萬歷五年(1577)、六年(1578)有重刊本，近代會文堂有石印本。日本有1604、1622、1659年刊本。人民衛生出版社于1965、1981年先后兩次刊印。
　　本書共8卷，卷1首設“醫學或問”51條，闡述醫學源流、授受、亢害承制、丹溪醫說、四診合參等內容，頗有見地。“或問”后按內、外、婦、兒科分述近百種病證，收一千余方。諸病總論皆采《內經》要旨，脈法取王叔和，傷寒宗張仲景，內傷宗李東垣，小兒尊錢乙。余病均以丹溪為主，摘選劉河間、張于祁、李東垣等諸家醫方、家傳及個人歷驗效方附于后。本書是一部綜合性臨床參考書，對后世有一定影響。

　　四、《針灸聚英》
　　《針灸聚英》又名《針灸聚英發揮》，高武撰。刊于嘉靖八年(1529)。現存版本可分兩類：一為4卷本，如明刻本、建國后排印本；一為8卷本，如日本復到本。兩類版本內容相同。
　　按4卷本順序，卷首“集用書目”，簡介《難經》、《素問》等16種以前針灸學著作。卷1論五臟六腑、仰伏人尺寸、手足陰陽流注、中指同身寸法、十二經脈、奇經八脈及所屬經穴的循行、主病，附經脈經穴圖。卷2為騎竹馬法等各家取穴方法。卷3為煮針、火針、溫針、拆針、暈針、補瀉手法、刺法、灸法等。卷4為十四經穴歐等63則歌賦。末附針灸治療問答。

　　五、《古今醫統大全》
　　《古今醫統大全》又名《醫統大全》，系醫學全書，徐春甫輯。書成于嘉靖三十五年(1556)，次年刊行。以后的版本有隆慶四年(1570)本、嘉慶間刻本，日本有明歷三年(1657)本、萬治間刊本等。
　　全書共100卷，卷1有“歷世圣賢名醫姓氏”，介紹270多名醫家傳略：“采摭諸書目錄”，載所征引書約280種。卷2～5為《內經要旨》、《翼醫通考》、《內經脈侯》、《運氣易覽》等；卷6～7為經穴針灸；卷8～92為臨床各科證治，包括內、外、婦、兒、骨傷、五官科以及老年病400余種，每病載有病機、脈候、治法、方藥、易簡諸方、灸法、導引法等項。卷93～98為經驗秘方，本草性能、功用及制法，通用諸方等，卷99～100為養生余錄。
　　書中除引古說外，徐氏在醫理、方藥上均有闡發。書中所載醫家傳略是研究醫史的重要資料。

　　六、《醫學綱目》
　　《醫學綱目》系綜合性醫書，樓英編撰。嘉靖四十四年(1565)，曹灼予以刊行。1937年世界書局再行鉛印，全書40卷，分11部，以陰陽臟腑分病為綱。卷1～9為陰陽臟腑部，屬醫學總論，詳述陰陽、臟腑、察病、診法、用藥、針灸、調攝、禁忌等。卷10～15為肝膽部。卷16～20為心小腸部，卷21～25為脾胃部，卷26為脾肺部，卷27為肺大腸部，卷28～29為腎膀胱部，分別介紹各臟腑有關病證證治。作者根據病證的癥候特點，分別歸屬臟腑，并分門論述，如將中風、癲癇、痙厥、勞風、瘛、怒氣、破傷風、子癇、目疾等證歸入肝膽部。所述病證多屬常見病，以內科雜病為主，兼及外科、婦科、五官科等病證。卷30～33為傷寒部，以傷寒為主，兼載溫病、暑病、溫疫等。卷34～35為婦人部，述婦人通治、經、帶、胎、產等。卷36～39為小兒部，載小兒通治、五臟所主病。卷40為運氣部。
　　本書資料豐富，綱目清晰，受到后世重視。

　　七、《醫學入門》
　　本書由李編撰。于萬歷三年(1575)刊行，國內外刊本現有30余種，如萬歷初刻本、康熙三十年(1691)書林余圣久刻本、1931年掃葉山房校正本、上海廣益書局印行本，日本元和三年(1617)刻本、寬文六年(1666)刊本、延寶五年(1677)村上平寺刻本等。1988年江蘇科技出版社出版了校注本。
　　全書分內外集，自謂“醫能知此內外門戶，而后可以設法治病，不致循蒙執方，夭枉人命，故題之曰《醫學入門》。共9卷。得首載醫學略論、醫家傳略、經穴圖說及運氣、保養等。卷1為經絡、臟腑、診法、針灸。卷2～3為本草、六氣為病、疾病用藥、食治等。卷4～8為內外婦兒諸科證治和急救方。
　　本書正文為歌賦，以注補充闡述。注文引錄各家之說，附以己見，書末為“習醫規格”，論述對習醫者的學習與醫德修養要求，強調醫者應有扎實的理論基礎與廣泛的專業知識，應忠于職守。

　　八、《赤水玄珠全集》
　　《赤水玄珠全集》簡稱《赤水玄珠》，又名《孫氏醫書三種》，孫一奎撰。刊于萬歷十二年（1584)。現存刻本有明副本、四庫全書本、1914年上海著易堂書局鉛印本、1986年人民衛生出版社點校本等10多種。
　　全書共37卷，《赤水玄珠》30卷，分76門，論述內外婦兒各科病癥，每門再條分縷析，分述因、證、治方、附諸家治驗。本書以明證為主，廣輯《內經》及其后170勸余種醫著，結合自已經驗，編撰成書。
　　《醫旨緒余》2卷，為《赤水玄珠》續編。上卷44篇，下卷26篇。集諸家之說，辨論臟腑、氣血、經絡、腧穴。闡述太極、陰陽、五行，解釋命門、相火、三焦之意。對前代諸家學說，評述較為公允。
　　《孫氏醫案》又名《孫文垣醫案》，5卷。由子泰來、明來及門人余煌等整理而成。按孫氏行醫地區順序編寫，分《三吳治驗》2卷、《新都治驗》2卷、《宜興治驗》1卷。共集醫案300多例，各案以時間為序，少敘醫理，多論證治，與前兩書相輔相成。
　　本書匯集明代以前諸家之粹，所論精辟，是一部有參考價值的綜合性醫書。

　　九、《本草綱目》
　　《本草綱目》系本草學、博物學巨著。李時珍撰成于1578年。萬歷二十一年(1593)，乃由金陵胡成龍刻成出版，稱金陵本。據金陵版題名，藥圖為其子李建中輯，李建元、李建木繪。
　　《本草綱目》問世后，400多年來，刻印數十次，版本眾多，有“一祖三系”之稱。一祖即金陵本，又分為江西本、錢本、張本三個系統。祖本金陵本含攝元堂本，存世僅7部，江西本系統流行于明末清初，又包括江西本(1603)、湖北本、石渠閣本、立達堂本、十竹齋本、寬永本(日本)、張朝本、金閶本、五芝堂本、人民衛生出版社校點本(1977～1981)等12種，錢本系統流行于清初、中期，包括錢蔚起本(武林錢衡本，1640)、日本承應二年本(1653)、太和堂本、日本萬治二年本(1659)、本立堂本、文會堂本、四庫全書本、同文堂袖珍本等38種。張本系統，清末以后流行，有張紹棠本(味古齋本)，刻于1885年，文字參校江西本、錢本二系，藥圖依錢本改繪(400余幅)，附有清代趙學敏《本草綱目拾遺》，流傳甚廣。此外還有鴻寶齋本、圖書集成局本、同文書局本、萃文書局本、商務本、日本半田屋本(1913年刻，1919年再版。名為《補注本草綱目》，附《漢藥本別名共通索引》)、臺北文光本、九龍求實出版社本、人民衛生出版社影印本(1957)、香港商務本等18種。
　　全書共52卷，載藥1892種，其中植物藥1094種。礦物、動物及其他藥798種，有374種為李氏所新增。附圖1109幅，方劑11096首，其中有8000多首方劑為李氏收集或擬定的。
　　本書問世后，促進了國內對本草學、生物學的研究，涌現出一批以《本草綱目》提供的資料為主，選藥精當的實用型的本草學著作，有藥有圖有方，切于臨床應用，如《本草選》、《本草匯言》等，出現了一些擴充性和拾遺性的著作，如《本草綱目拾遺》、《植物名實圖考》等，1606年該書傳入日本，后又通過各種途徑傳入歐洲，在國外產生了很大影響，出現了英、法、德、日等多種文字的節譯本。

　　十、《萬病回春》
　　《萬病回春》，龔廷賢撰于萬歷十五年(1587)，刊本甚多。現存最早者是萬歷三十年(1602)金陵周氏重刊本，其他有萬歷四十三年(1615)經綸堂重刊本、明活字印本。閶門書林葉龍溪刻本，清代康熙、道光、同治年間各種刻本，近現代重刊本和日本元和活字本，共30多種。明活字本題作《新刊萬病回春》、道光二十五年(1845)桐石山房刻本作《新刊增補萬病回春》、明善成堂本作《新刊增補萬病回春原本》，綠慎堂本等作《詳校萬病回春》，錦章書同鉛印本作《增補萬病回春》。1984年人民衛生出版社以清代江東書局石印本為底本，參照其他版本校補、勘誤后而印行。
　　全書共8卷。卷1前列“萬金統一述”，總論天地人、陰陽五行、臟腑功能、主病脈證等。次載藥性歌、諸病主藥、臟腑、經脈等項目。卷2～8分別論述內外婦兒五官等科病證184種，每病均闡述病因、病機、治法，方藥等內容，后附醫案。卷末附“云林暇筆”，載有“醫家十要”等，有的版本還附有“龔氏家訓”等篇。
　　龔氏辨證詳明，選方精當，論治恰切。書末所附“醫家十要”，廣泛涉及醫學倫理學、醫學社會學的問題，很有參考價值。

　　十一、《名醫類案》
　　系醫案著作，江氏父子編輯。廣輯明以前醫藥著作以及《史記》、《三國志》、《抱樸子》、《夷堅志》等史傳子集文獻，從中收集名醫治驗例案，歷時二十載，于嘉靖二十八年(1591)，方得刊行。清乾隆間，魏琇以校閱，詳盡考訂江氏父子存在的疏漏和脫文，探本求源，補缺正誤；鮑廷博重刊乾隆三十五年(1770)的知不足齋本，即目前通行本所據的底本。此外，有四庫全書本、清光緒二十年(1894)耕余堂鉛印本等10多種。
　　全書共12卷，按病證分為205門，以內科病案為主，兼及外、婦、兒、五官、口腔等病癥。所輯醫案，上自秦越人，淳于意，下至無明諸家，凡辨證精詳、治法奇驗者，皆予收錄。每案詳載姓名、年齡、體質、癥狀、診斷和治療，故述較完整，理法方藥亦相契合。案或詳于證，或詳于因，或詳于治，均有依據。在一些醫案后，并加有案語，闡發己見。
　　本書為我國第一部醫案專著。既是明以前著名醫家臨床經驗的總結，也是中醫理論與臨床實踐密切結合的典范，具有較高的文獻價值和臨床價值。

　　十二、《針灸大成》
　　《針灸大成》又名《針灸大全》，楊繼洲撰，靳賢校正。萬歷二十九年(1601)刊行。本書至今已有50多種版本。通行本是10卷本，包括初刻本、清順治丁酉(1657)李桂月刊本、人民衛生出版社1963年排印本、1984年校釋本。
　　全書共10卷。卷1是理論部分，卷2～3為歌賦。卷4為仰伏人尺寸圖，背俞、腹部穴歇，寸法，九針論，針法、補瀉，針灸禁忌等；“經絡迎隨設為問答”，是楊氏手法的經驗總結。卷5為井滎俞原經合穴、子午流注針法及靈龜飛騰八穴針法。卷6～7為五臟六腑及十四經穴的主治、經穴歌及考證穴法、奇經、絡脈、經筋、要穴、經外奇穴等。卷8首載《神應經》da法，次論內、外、五官、婦、兒科共23門疾病的針灸臺療。卷9首論治癥總要，末附楊氏的31個醫案。卷10為附篇，輯錄陳氏(佚名)的《小兒按摩經》，使之成為唯一傳本。

　　十三、《證治準繩》
　　《證治準繩》又名《六科證治準繩》或《六科準繩》，王肯堂編撰。書成后，歷代均有刊本，主要有萬歷初刻本、四庫全書本、圖書集成本；1957年上海科技出版社鉛印本等17種，1059年上海科技出版社縮影本附有各科病證索引。《類方》外均有單行本，還有日本翻副本。
　　全書共44卷。《雜病證治準繩》卷1～6專論內科雜病，分諸中、諸傷、寒熱、諸氣、諸嘔逆、諸血、諸痛、痿痹、諸風、神志、雜門、大小腑等12門，131種病證，卷7～8為七竅門，包括五官、咽喉、毛發、筋骨、皮膚、蠱蟲等19種病證。各門前有總論，后按病證分述，不載方藥。各證下再詳列不同病癥，辨證精細，分析入微，《雜病證治類方》按《雜病證治準繩》而分類列方。
　　《傷寒證治準繩》8卷。卷1為傷寒總例，卷2～7為六經病證、合病、壞病、狐惑、百合病、瘥后諸病、陰陽易、春溫、夏署、秋瘧等，以及婦人、小兒傷寒。論述以《傷寒論》方論為主，廣集各家治法，并注明出處。
　　《瘍醫證治準繩》又名《瘍科證治準繩》，6卷。卷1～5專論外科病證，卷6為損傷，對人體骨骼解剖敘述最詳，頗為正確。
　　《幼科證治準繩》宗錢乙按五臟分證編次。卷1為初生門，首載證治通論，次敘初生胎疾。卷2肝部，含驚搐、癇、中風、眼目、淋、疝、咽喉等。卷3～6為心部，包括發熱、心痛、煩操、舌、失血、語遲、瘡瘍等，又著重論述痘疹。卷7～8為脾部，含不乳食、吐瀉、痢、疳、痞、黃疸等。卷9為肺、腎部，內容有咳嗽、喘、悲哭、龜胸、脫肛、囪陷、五遲、五軟等。列證詳備，有論有方。
　　《女科證治準繩》取自陳自明《婦人大全良方》卷1為治法通論，列通治婦人諸疾方，次為調經門；卷2～3為雜證門；卷4～5為胎前門；卷6為產后門。各門又分病證論述，每證有論有方，所引資料，皆有出處，本書為明代婦產科學的代表作。
　　《證治準繩》收羅廣博，編輯嚴謹，持論平正，是十七世紀流傳最廣的醫學著作之一。批12卷本，有咸豐十年(1860)海寧許楣刊本、光緒十九年(1893)圖書集成印書局鉛印本等20多種。1956年人民衛生出版社影印本為目前通行本。
　　全書初刻共4卷。卷1以歌訣加注開章，概括闡述外科疾患的病因、病機、診斷、治療等，次敘外科常用方16首。再繪瘡瘍部位、形狀圖30多幅，以“癰疽諸證瘡名十律”終篇，卷2～4，分論外科常見病120多種，每病述病機、癥象、治法，并示驗案，末載方藥，本書內容豐富，論證詳明，選方精當，附圖明了，歌訣易記，是外科學中出色的著作。
　　本書以“列證最詳、論治最精”而著稱。
　　書中“醫家五戒”、“醫家十要”為醫生制定守則，提出醫德、醫術等方面的行為準則，在中國醫德史上頗有影響。

　　十四、《濟陰綱目》
　　《濟陰綱目》系婦產科專著，武之望輯。本書對《女科證治準繩》內容重加編次，分醫論、醫方二部，眉目更為清晰。本書初刊于萬歷四十八年(1620)，為5卷本，次年重刻，康熙四年(1665)，汪琪因“原版無存，世人每欲購求遺本，真如丹經仙，可思而不可得”，乃予箋擇重訂，刪去武氏自撰6篇醫論，增加眉批1430余條，改為14卷付梓。14卷本大量刊行，版本達36種。1958年上海科技出版社影印此書，遂成此通行本。
　　全書5卷，卷1為調經、經閉、崩漏、赤白帶下諸門。卷2分虛勞、血風、積塊、浮腫、前陰諸疾等門。卷3～5分別為求子、胎前、臨產、產后、乳病諸門，選方較詳盡，后世視為婦產科的重要參考書。

　　十五、《景岳全書》
　　本書系統綜合性醫書。張介賓撰于天啟四年(1624)。系在博采諸家之說基礎上，結合個人學術見解及臨床經驗撰成的。現存版本30多種，有明刊本、康熙三十九年(1700)刊本、瀛海賈棠刻本、越郡黎照樓刊本、岳峙樓刊本、四庫全書本、金閶書業堂刊本、敦化刊本、掃葉山房刊本等，1959年上海科技出版社影印本。
　　全書共64卷，分16種。第一種為“傳忠錄”(卷1～3)，系醫論，著重闡述“陽非有余，陰常不足”的學說觀點，對劉完素、朱丹溪用寒涼攻伐，多所非議，倡導溫補。第二種“脈神章”(卷4～6)。主要論述脈診及其它診斷方法。以下為各論。第三種“傷寒典”(卷7～8)。第四種“雜證漠”(卷9～37)，第五種“婦人規”(卷38～39)第六種“小兒則”(卷40～41)，第七、八種分別是“麻疹詮”(卷42)“痘疹詮”(卷43～45)，第九種“外科鈐”（卷46～47），第十種“本草正”(卷48～49)，載藥290種，第十一至十六種為方劑，共載方2624首，還載有砭法、灸法等12法。

　　十六、《霉瘡秘錄》
　　《霉瘡秘錄》系陳司成所撰，崇幀五年(1632)梓行。系梅毒專著，分總說、或問、治驗、方法、宜忌五部分。該書論述了梅毒的傳染途徑，對一、二期梅毒的硬下疳、扁平濕疣、梅毒性斑疹、環形丘疹、白斑、鱗屑損害、晚期樹膠腫損害，骨關節和神經系統受累癥狀，胎傳梅毒的特殊表現，都有相當準確的描述。提出必須徹底治療等原則，重視預防和防止復發。首創用減毒無機砷劑治療梅毒的方法。書中列病案29則，載方55首，并述配制及運用方法。在《宜忌》中列舉誤治病例6個，分析了藥物與飲食宜忌的具體要求，

　　十七、《瘟疫論》
　　吳有性于崇鎖十五年(1642)撰成《溫疫淪》，據《四庫全書總目》載，《瘟疫論》2卷，補遺1卷，版本主要有清初刻本、四庫全書本等。康熙間日本即有刻本，國內闡釋發揮之書亦多，乾隆四十九年(1784)晚翠堂等刻本作《補注瘟疫論》，同治三年(1864)樊川文成堂等刊本作《溫疫論補注》，建國后刊有多種鉛印本和評注本。
　　上卷載論文50篇，闡述瘟疫之病因、病機、證候、治療，并從多方面論述溫疫與傷寒的不同。下卷載文36篇，著重論述溫疫的兼證，有數篇論述溫疫名實和疫疬證治。
　　吳氏認為瘟疫之因，為無形之“戾氣”，從口鼻侵入人體。戾氣有多種，各有“特適”性和“偏中”性，即不同戾氣具有侵犯一定臟器的特異性，人或動物對某種戾氣也具有不同感受性。提出“能知以物制氣，一病只有一藥之到病已”的原則。把戾氣侵入途徑分為“自天受”(空氣傳染)和“傳染受”(接觸傳染)，既可形成流行之疫，也可出現散發之疫。提出“達原”、“三消”等治法。
　　吳氏創論外感瘟疫病因及傳受途徑，實開我國傳染病學之先河，對后世戴天章等有很大影響。清代葉天士、薛生白、吳鞠通、王孟英等溫病學家并未按吳氏的思路繼續探索，而返回中醫傳統思維方法中，使吳氏民氣說未能得到充分發展。

　　十八、《審視瑤函》
　　《審視瑤函》又名《眼科大全》、《傅氏眼科審視瑤函》、《審視瑤函眼科大全》，博仁字撰于崇禎十七年(1644)。版本約40多種，有崇幀十七年煥文堂本、濟世堂本、宣統元年(1909)上海會文堂石印本、1958年上海衛生出版社鉛印本等。全書共6卷。共列108證，300余方：有圖說和歌括，內容較豐富；對金針撥障及鉤、割、針、烙等眼科手術有詳細的說明，對五輪八廓等眼科理論也有系統闡述，本書對后世眼科學術發展很有影響。