清代康熙以來，醫(yī)家尊祟經(jīng)典成為學(xué)風(fēng)，呼應(yīng)而起的經(jīng)典醫(yī)書注家，盛極一時。他們做了大量考證與注釋工作，在古典醫(yī)籍的整理研究方面產(chǎn)生了很大影響。

　　一、《內(nèi)經(jīng)》
　　(一)張志聰《素問集注》和《靈樞集注》
　　清初著名醫(yī)家張志聰主持編著的《皇帝內(nèi)經(jīng)素問集注》和《黃帝內(nèi)經(jīng)靈樞集注》，是一種影響頗大的《內(nèi)經(jīng)》全注本。
　　張氏集注本的注釋水平較高。例如對《陰陽別論》中“二陰二陽發(fā)病，善張，心滿善氣”一句之“心滿善氣”的解釋，王冰理解為“氣蓄于上，故心滿，下虛上盛，故氣泄出”。其他對《內(nèi)經(jīng)》很有研究的醫(yī)家吳昆、馬蒔，張介賓等均未對此作出解釋，張志聰則對王注提出異議，認(rèn)為“善氣者，太息也。心系急，則氣道約，故太息以伸出之”。其解說明確指出“善氣”是善太息，這種心中滿悶而善太息的解釋，符合實際，較為貼切。
　　張志聰《內(nèi)經(jīng)》全注本屢出新見，其觀點(diǎn)在近世產(chǎn)生了較為廣泛的影響，對中醫(yī)理論研究有著較大貢獻(xiàn)。

　　(二)各具特色的分類研究
　　1、擇分《內(nèi)經(jīng)》為九類；汪昂、薛雪汪昂所著《素問靈樞類纂約注》(1689)3卷，選錄《素問》、《靈樞》中除針灸以外的主要內(nèi)容，分為藏象、經(jīng)絡(luò)、病機(jī)、脈要、診候、運(yùn)氣、審治、生死和雜論9篇，兼采歷代注家之長進(jìn)行注釋。注文簡明扼要，較為淺顯易懂，為后世學(xué)醫(yī)者所喜讀。薛雪所著《醫(yī)經(jīng)原旨》(1754)6卷，分為攝生、陰陽、藏象、脈色、經(jīng)絡(luò)、標(biāo)本、氣味、論治、疾病9類，計14篇。注文簡要，主要參酌張介賓《類經(jīng)》中的注釋，揉和各家學(xué)說重予撰注而成。
　　2、分類最簡的《醫(yī)經(jīng)讀》：沈又彭所著《醫(yī)經(jīng)讀》1卷，挑選若干條文，分別歸納于平、病、診、治4類之中，可算類分最為簡要者。平，為臟腑的正常生理。病，包括病機(jī)、疾病。診即診法，治即治則。故該書分類雖簡，但已概括生理、病理、診法、治則四大部分內(nèi)容。所選條文較為精當(dāng)，起到了刪繁就簡由博返約的作用，是一本適用于初讀《內(nèi)經(jīng)》者閱習(xí)的書籍。
　　3、探索篇序原貌的黃元御：清代名醫(yī)黃元御，以《素問》、《靈樞》代遠(yuǎn)年湮，文次偽亂，倡錯簡之論。他以自己的研究心得，著成《素問懸解》和《靈樞懸解》二書，《素問懸解》(1756)13卷，以通行本《素問》81篇的主要內(nèi)容分為養(yǎng)生、臟象、脈法、經(jīng)絡(luò)、孔穴、病論、治論、刺法、雷公問、運(yùn)氣10類，重予編次。《靈摳懸解》(1756)9卷，根據(jù)通行本《靈樞》81篇的主要內(nèi)容，按刺法、經(jīng)絡(luò)、營衛(wèi)、神氣、脈象、外候、病論、賊邪、疾病9類的次序重予編次。二書可稱《內(nèi)經(jīng)》研究中獨(dú)辟蹊徑之作。

　　二、《難經(jīng)》
　　此期對《難經(jīng)》的研究，方式大抵是將《內(nèi)經(jīng)》《難經(jīng)》有關(guān)內(nèi)容相互對照，并以《內(nèi)經(jīng)》理論闡述《難經(jīng)》義理與淵源。
　　清初莫所《難經(jīng)直解》(1669)2卷，為《莫氏錦囊十二沖》之一種。莫氏注釋《難經(jīng)》以滑壽《難經(jīng)本義》的理論為主，參考其余注家學(xué)說，并結(jié)合個人見解予以發(fā)揮，具有一定參考價值。徐大椿所著《難經(jīng)經(jīng)釋》(1727)2卷，以《內(nèi)經(jīng)》理論為本，闡發(fā)《難經(jīng)》義理及其學(xué)術(shù)淵源，其中述源析變、考訂辨論、詮釋發(fā)揮，頗具參考價值。黃元御所著《難經(jīng)懸解》(1756)2卷，主要結(jié)合個人學(xué)識及閱讀《難經(jīng)》心得，對81難予以逐段注解，注文多較簡要。
　　日本學(xué)者丹波元胤亦于19世紀(jì)初葉撰有《難經(jīng)疏證》2卷，該書首列其父丹波元簡《難經(jīng)解題》1篇，元胤征引各家學(xué)說結(jié)合個人見解補(bǔ)其剩義。

　　三、《傷寒論》與《金匱要略》
　　(一)《傷寒論》的研究
　　清代，由于醫(yī)學(xué)理論的發(fā)展及訓(xùn)詁學(xué)的盛行，《傷寒論》的研究在深度與廣度上都較前代有了新的發(fā)展。僅清代前、中期流傳至今的《傷寒論》研究著作在百種以上。
　　首先是明代已顯端倪的學(xué)術(shù)之爭，到了清代則更為明朗。主張錯簡重訂或主張維護(hù)舊有編次的不同醫(yī)家，觀點(diǎn)都比較強(qiáng)烈，均竭力宣稱自己最能反映張仲景的原意。清代主張錯簡重訂的代表醫(yī)家是喻昌，其《尚論篇》影響之大超過了明代方有執(zhí)的《傷寒論條辨》。在他之后，持這一觀點(diǎn)的醫(yī)家大致可分為兩部分。一派醫(yī)家推崇方、喻提出的編次，著書立說也基本在此二家的基礎(chǔ)上進(jìn)行。若周揚(yáng)俊、張璐、吳儀洛、程應(yīng)旄、沈明宗、陳知等等。另一派醫(yī)家則認(rèn)為即便是方、喻二家也未能盡復(fù)仲景原貌，因而他們的重訂工作往往另辟蹊徑而不循方喻。如黃元御撰《傷寒懸解》，錢潢撰《傷寒溯源集》，主張維護(hù)舊有編次的醫(yī)家有錢塘二張即張志聰、張錫駒，以及陳修園等人。這種學(xué)術(shù)之爭并非沒有意義，許多醫(yī)家為了使自己的觀點(diǎn)更有說明力，往往博覽群書，尋流溯源，深思熟慮，力求得出精辟的分析，獨(dú)到的見解。因此其中不乏具有影響的佳作。
　　此期流傳入境的外國學(xué)者的《傷寒論》研究著作恐怕可謂《傷寒論》研究中的一條不可忽略的支流。至今仍可見到的日本學(xué)者的著作不下四十種，以詮釋或集注的形式為多。如丹波元簡《傷寒論輯義》丹波元堅《傷寒論述義》，山田正珍《傷寒論集正》等等，這反映了《傷寒論》在日本的流傳，以及日本醫(yī)生對《傷寒論》的推祟、理解和應(yīng)用。
　　1、主張錯簡重訂的醫(yī)家
　　(1)喻昌與三綱鼎立說：喻昌研究《傷寒論》尊張仲景為至高，對自王叔和以降歷代注家多有非議。而獨(dú)對明代方有執(zhí)一人頗贊賞，以為對方有執(zhí)《傷寒論條辨》“削去叔和《序例》，大得尊經(jīng)之旨”，尤其認(rèn)為方氏卓識超越前人。
　　因此喻昌對傷寒六經(jīng)病脈證治的編次發(fā)揮追從方有執(zhí)的觀點(diǎn)，主張振舉大綱，分隸治法，倡三綱鼎立之說。他認(rèn)為太陽主表有營衛(wèi)之不同，病邪有風(fēng)寒之差異，風(fēng)則傷衛(wèi)，寒則傷營，風(fēng)寒兼感，則營衛(wèi)兩傷，仲景立桂枝湯治風(fēng)傷衛(wèi)，麻黃湯治寒傷營，大青龍湯治風(fēng)寒兩傷營衛(wèi)，三法分治三證，鼎足三綱，成為《傷寒論》研究中一種頗具影響的學(xué)說。
　　總之，喻昌研究《傷寒論》用心良苦，致力深厚，其重編仲景條文，幾乎于每一條文之前先以簡明短語點(diǎn)出大意，之后又結(jié)合本人體會進(jìn)行發(fā)揮，反映出較高的學(xué)術(shù)水平。
　　(2)方喻影響下諸家：張璐自言研究《傷寒論》歷三十年，曾為諸家多歧而苦惱，迨見到方喻著作方豁然開朗�？偨Y(jié)心得，撰成《傷寒纘論》與《傷寒諸淪》。將《傷寒論》條文重新編排，首詳六經(jīng)證治，后列他病。篇且分法基本同于《尚論篇》，原文后注釋也是主要依據(jù)方喻之說。但他對喻昌傷寒溫?zé)岵环�，持有異議。他不僅將原文中言明溫者指為溫病，并將黃芩湯、白虎湯、白虎加人參湯等等諸條均歸入溫?zé)岵》懂牎?BR>　　周揚(yáng)俊也是方喻學(xué)說的追隨者，認(rèn)為歷代注家唯此二人得仲景精旨。因此周揚(yáng)俊研究《傷寒論》均采用方喻二家，遇注釋不完善處，又自潛心體會，以期另有所得而補(bǔ)其不足。故其著作名《傷寒論三注》。清中葉之后，以此立說者并不止周氏一家，如黃元御、包誠、陳修園等人。即使至今，也仍有人循此思路研究《傷寒論》。
　　(3)黃元御的錯簡重訂說：黃元御治古醫(yī)經(jīng)，無不以錯簡為說，他不象其他主張錯簡重訂的后續(xù)醫(yī)家那樣推祟方喻二人，他認(rèn)為“四圣”之后，唯孫思邈不失古圣之意。他重訂《傷寒論》條文，不遵風(fēng)寒營衛(wèi)或三綱鼎立之說，而是自成體系。首先他提出寒溫異氣。認(rèn)為“冬傷于寒”并非指冬日感冒寒邪藏而未發(fā)，而是指冬寒之日未知調(diào)養(yǎng)，傷精蘊(yùn)熱，至春夏溫?zé)嶂畾庖l(fā)內(nèi)熱而發(fā)，故表里皆熱，五臟六俯皆受病。其二他提出傷寒六經(jīng)非皆經(jīng)病。他認(rèn)為唯太陽有經(jīng)證，而他經(jīng)均無純悴之經(jīng)證。陽明全言腑病，即使有經(jīng)病也是腑病連經(jīng)。三陰經(jīng)皆言臟病，即使有經(jīng)病，也是臟病連經(jīng)。少陽一經(jīng)居半表變里，言半臟半腑，少陽之經(jīng)病乃臟病腑病連經(jīng)。故經(jīng)病總統(tǒng)于太陽一經(jīng)，腑病臟病則各經(jīng)分治。

　　2、主張維護(hù)原有編次的醫(yī)家
　　(1)錢塘“二張”：指張志聰與張錫駒二人。此二人同鄉(xiāng)又同出一師(張逆辰)，學(xué)術(shù)觀點(diǎn)亦頗有相同之處，治傷寒學(xué)，均主張維護(hù)原有編次。
　　張志聰?shù)闹鳛椤秱摷ⅰ�。稿未成而病逝，由門人高世于1683年補(bǔ)訂成書，共6卷。他認(rèn)為：“仲祖《傷寒論》其中條緒井井，原系本文，非叔和所能編次�！眱H有“傷寒例”為叔和所增，刪除之。其余根據(jù)先證后脈的原則進(jìn)行調(diào)整，雖然將“平脈”、“辨脈”及“痙濕”移至六經(jīng)篇后，六經(jīng)脈證條文，悉以原書次序進(jìn)行匯節(jié)分章，將398條分作100章，認(rèn)為這樣便使此經(jīng)編次條理通貫，毫無漏隙，故亦無錯簡。此較張遂辰維護(hù)舊編次之論據(jù)大為有力。
　　張氏對風(fēng)寒傷營衛(wèi)之說頗不以為然，他認(rèn)為“并非風(fēng)必傷衛(wèi)，寒必傷營。
　　張氏主張以運(yùn)氣學(xué)說理解《傷寒論》，他甚至認(rèn)為此乃張仲景立論之本。他以六經(jīng)氣化為病解釋傷寒病，認(rèn)為紀(jì)日與傳經(jīng)是兩回事，前者指經(jīng)氣而言，后者指病氣而言，經(jīng)氣日傳一經(jīng)，病氣則一傳便止。傳于某經(jīng)，則見某經(jīng)之病，不復(fù)再傳別經(jīng)。如停留陽明，則見白虎湯及承氣湯證，不復(fù)再傳少陽。
　　張錫駒著有《傷寒直解》(1712)6卷，書中完全同意張志聰以上主張，甚至除先脈后證外，六經(jīng)證治的章節(jié)安排亦取諸張志聰。其比較突出的觀點(diǎn)是強(qiáng)調(diào)《傷寒淪》為治百病的全書，并非僅僅為傷寒而設(shè)。因此他提出能治傷寒即能治雜證。事實上這個觀點(diǎn)成立與否關(guān)系到經(jīng)方醫(yī)家的社會地位，所以常是他們比較強(qiáng)調(diào)的內(nèi)容。
　　(2)陳念祖：陳念祖平生尊經(jīng)祟古，其著《傷寒論淺注》(1803)6卷，竭力維護(hù)舊論。他認(rèn)為“叔和生于晉代，與仲景相去未遠(yuǎn)，何至原書無存耶?”而且叔和編次的《傷寒論》自“辨太陽病脈證篇”至“勞復(fù)”止十篇，章節(jié)起止照應(yīng)，如神龍出沒，首尾相應(yīng)，鱗甲森然。因此他斷定此皆仲景原文，叔和絕無意變亂。相反，如果割章分句，挪前換后，重成一篇暢達(dá)文字，則雖仍是仲景句子，卻非仲景文章。因而陳氏在《傷寒論淺注》中未有增減一字，移換一節(jié)。但是他認(rèn)為除以上十篇之外其余幾篇，皆叔和欲補(bǔ)其詳而加入。為了維護(hù)《傷寒論》的純潔，陳氏將之刪削不錄，形成所謂十篇《傷寒論》潔本，并由此流行。
　　3、從方劑入手研究《傷寒淪》的醫(yī)家
　　清代有一些醫(yī)家的研究以探索張仲景辨證制方之所以然為線索，強(qiáng)調(diào)見什么證，用什么方。代表者有柯琴與徐大椿。二家之間的不同在于是否分經(jīng)立論，此外，徐彬《傷寒一百十三方發(fā)明》也具有一定的影響。
　　(1)柯琴：柯琴的著作《傷寒來蘇集》(1669)8卷，包括《傷寒論注》、《傷寒論翼》、《傷寒附翼》三種，影響最大的是《傷寒論注》�？率险J(rèn)為張仲景原書本平易，只是歷代注家畫蛇添足，使其反而被混淆。因而柯氏治傷寒學(xué)，很少步前代注家之后塵。而根據(jù)張仲景原文中所有的桂枝證、柴胡證的提法，從方劑入手，將原文以方證歸類重新編排。他以六經(jīng)為總綱，以證候為依據(jù)，因方類證，方隨經(jīng)出。開篇先立總綱一篇，概述傷寒脈證，每經(jīng)又各立總綱一篇，分述各經(jīng)脈證大略，這樣既提出綱領(lǐng)，又使原書中有論無方的條文有所歸屬。此后每證立為一篇，以方名證。如太陽病中收集了桂枝湯證、麻黃湯證等十一類證，其中桂枝湯證匯集了桂枝湯脈證、兼證、湯方、服法、方禁、壞病、疑似癥以及其加減變化凡十九方。他經(jīng)他方均類此條例。條文既出，注解附后。
　　(2)徐大椿：徐大椿雖為一代儒醫(yī)，但他對《傷寒論》原有的編次問題并不十分看重。其著有《傷寒約編》(1759)6卷，《傷寒論類方增注》(1764)1卷。其中前書更具學(xué)術(shù)代表性，他認(rèn)為《傷寒論》并不是仲景依經(jīng)立方之書，而是救誤之書，本無一定次序。他指出病本變遷不定，而方之治病有定，如解肌發(fā)汗、攻邪散痞，逐水驅(qū)寒，溫中除熱等等，皆各有主方。起加減變化則各有法度，不可有分毫的錯誤。于是，在他的《傷寒類方》中，不言從何經(jīng)來，往何經(jīng)去，而是著眼于仲景的處方用藥，類方不類經(jīng)。
　　他將《傷寒論》中一百一十三方分成桂枝湯證、麻黃湯證等十二類，均以主方命名。每類先列主方及其方證，然后依次排列加減類方。最后方列“六經(jīng)脈證，一篇，說明六經(jīng)主證主脈及別證變證。目的在有助于理解方證分類及用藥加減異同的道理，有利于正確使用《傷寒論》方。全篇文字不多，語言簡潔，條理分明，方證全面，即使作為一種學(xué)習(xí)《傷寒論》的工具書也很有價值。
　　4、從治法入手研究《傷寒論》的醫(yī)家
　　此派醫(yī)家強(qiáng)調(diào)探索張仲景治病立法的依據(jù)。代表醫(yī)家有尤在涇與錢潢。事實上，二人對法的定義理解不同，研究的角度也頗有差異。
　　(1)尤怡：尤怡治傷寒學(xué)，立足于彰明仲景辨證思想，在其《傷寒貫珠集》(1810)中，一方面從治法入手研究證候分析標(biāo)準(zhǔn)，一方面仍以六經(jīng)為大綱。在三陽病與三陰病的治法研究中，尤氏使用的是不同的分類標(biāo)準(zhǔn)。
　　他將三陽病治法分為七大類，每類均不以具體的治法命名，而是一種比較抽象的法則。如太陽病治法共分五類。素體虛弱，或臟腑陰陽偏勝，或原有宿疾者，同為傷寒之證，必須將麻桂湯化裁使用，此為權(quán)變法。為汗之不當(dāng)而有斡旋法；為誤治生變而有救逆法等等。
　　三陰病治法大致分為汗、下、溫、清四類，以具體治法命名。其中太陰病治法因臟病、經(jīng)病、經(jīng)臟俱病，分為溫里發(fā)汗及先里后表。少陰病治法因寒熱虛實見證不清、下、溫及生死法四種。厥陰病治法則根據(jù)厥熱之進(jìn)退分溫、清二法。
　　(2)錢潢：錢潢對《傷寒論》的研究，重點(diǎn)也在于張仲景辨證施治的方法。但他對法的理解不同于尤怡，他認(rèn)為《傷寒論》六經(jīng)證治無一字一句非法。因而他對治法的分類非常細(xì)膩。在他的重編張仲景《傷寒論證治發(fā)明溯源集》(1707)10卷中，他以六經(jīng)證候為依據(jù)，闡發(fā)仲景立法制方的不同意義，他對傷寒治法的分類確切地說是以證命名的。
　　5、從六經(jīng)入手研究《傷寒論》的醫(yī)家
　　從六經(jīng)入手研究《傷寒論》的著述有陳修園《傷寒醫(yī)訣串解》，舒詔《傷寒六經(jīng)定法》，沈堯封《傷寒論讀》等等，其中陳修園是影響最大的，他作為強(qiáng)硬的尊經(jīng)派，曾力主維護(hù)《傷寒論》原有編次。同時，他又是一位注重實踐的臨床醫(yī)生，有著豐富的臨證經(jīng)驗，因而他也主張使傷寒理論切于實用。

　　(二)《金匱要略》的研究
　　古代醫(yī)學(xué)界對《金匱要略》的研究并非與《傷寒論》研究并駕齊驅(qū)，開始較晚，著作也遠(yuǎn)不及后者為多。這可能與《金匱要略》發(fā)現(xiàn)得晚有關(guān)。雖說明代已有《金匱要略》研究著作出現(xiàn)，如趙以德《金匱方論衍義》，但更多的是清代的作品，如徐彬《金匱要略論注》(1671)，程林《金匱要略直解》(1671)，周揚(yáng)俊《金匱玉函經(jīng)二注》(1687)，魏荔彤《金匱要略方論本義》(1721)，陳修園《金匱要略淺注》(1803)等等，但最有特色的是尤怡的《金匱要略心典》與黃元御的《金匱懸解》。

　　1、尤怡的《金匱要略心典》
　　尤怡的《金匱要略心典》(1729)可謂是流傳最廣，影響最大的一部《金匱要略》研究著作。書中尤氏根據(jù)原書編次，逐條或數(shù)條一節(jié)進(jìn)行注釋。依其自序所言，他的注釋遵循三條原則。其一，力求辭義精確符合原意，即所謂當(dāng)于古人之心。其言未必盡稱“靈素”，而是以本人體會為主，直入其義，有時確有畫龍點(diǎn)睛之妙。其二是“傳寫之誤者則擬正之。”其三，“其或后人續(xù)入者，則刪汰之”如“雜療”以后三篇，《金匱要略心典》中未以收入。尤氏又參考?xì)v代方書，參以個人心得經(jīng)驗，撰著有《金匱家》(1768)8卷，論述內(nèi)科雜病證治。以為《金匱要略心典》的補(bǔ)充，羽冀《金匱》。
　　2、黃元御的《金匱懸解》
　　黃元御在撰成《傷寒懸解》之后，立即轉(zhuǎn)入《金匱懸解》的編著工作(1754年成書)，因此二書的思路非常相似。他將《金匱要略》的篇目、條文也重新進(jìn)行調(diào)整編排，并進(jìn)行一些刪減，如刪去“雜療方第二十三”等三篇。他認(rèn)為《金匱要略》治內(nèi)傷雜病，以扶助陽氣、運(yùn)化氣血、溫熙臟腑功能為大旨。但又兼采后世滋陰之說，推闡“陽自陰開，陰由陽降”之理，言之頗見透徹。書中逐篇詮譯原文，并詳述四診九候之法。在他的《金匱懸解》中，將《金匱要略》條文分成外感、內(nèi)傷、外科、婦人四大部分，各部分又按原類病法分類，每類各為一卷，卷前加以短論對該卷內(nèi)容進(jìn)行提綱挈領(lǐng)的闡述。
　　陳念祖《金匱要略淺注》(1803)10卷，在體例和編寫特點(diǎn)上亦略同其所著之《傷寒論淺注》。書中刪去最后三篇外，并在第22篇婦人雜療脈癥中增補(bǔ)了陰挺論等內(nèi)容，陳氏選輯前人有關(guān)《金匱要略》的部分注文。參以個人見解加以闡發(fā)，以探求《金匱》要旨，由于注文簡要，明白易曉，適于初習(xí)者使用。故流傳較廣。
　　日本國學(xué)者丹波元簡、丹波元堅父子也各有研究《金匱》的專著。元簡著《金匱玉函要略輯義》(1806)6卷，采輯徐彬、程林、沈明宗、魏荔彤及《醫(yī)宗金鑒·訂正金匱要略注》等家注本，結(jié)合己見逐條闡析仲景原文，考訂較為精詳。方解部分除選注詮擇外，又參考古今方書增補(bǔ)了一些效方。元堅著《金匱要略述義》(1842)3卷，選錄《金匱》原文以段落分注，除發(fā)揮個人所得外，又補(bǔ)充了趙以德、周揚(yáng)俊、朱光被等諸家學(xué)說。這對其父元簡之《金匱玉函要略輯義)一書，在采輯各家學(xué)說和闡述仲景精義方面均是很好的補(bǔ)充。