中醫的病因學說，自春秋以迄六朝，醫學的發展基本上已形成了“千般災難，不越三條”的概念，奠定了“三因學說”基礎。即以六淫為內容的外因學說、以七情為內容的內因學說和以蟲獸、房室、刀刃傷為內容的不內外因學說。隋唐時期醫家本著醫之作也，求百病之本而善則能全”（巢元方《諸病源候論》序人民衛生出版社，1955年）的精神，在醫療實踐中作了新的探索，在病因學和癥侯學方面均有顯著進步。其特點為：開展一個病一個證候的研究，注意客觀證狀的描述：以證候分類，注意同類間的鑒別；證候與病因結合、證候與臟腑聯系；并注意預后的分析。

　　一、逐個病研究，探索病因
　　對病因證候學的研究，隋·巢元方《諸病源候論》之成就最為卓越。該書分為67門，載述疾病病源證候共1739論，是我國最早的病源證候學專著。《千秋要方》、《千金翼方》和《外臺秘要》也多先論病因證候，后述治療醫方，對臨床各科疾病廣收博采，對每一病證逐個深入研究，在病因方面多所發現，或則以其新的認識，提出相當符合實際的推斷，是我國最早的病源證候學專著。《千金要方》、《千金翼方》和《外臺秘要》也多先論病因證候，后述治療醫方者。

　　（一）乖戾之氣學說
　　《諸病源候論》在對傷寒、時行、溫病等的研究中，發現了這些病都由“乖戾之氣”引起，如，傷寒、時行、溫度在隋唐以前也有論及，唯葛洪在《肘后備急方》，中提到了溫病是“其年歲中有病氣兼挾鬼毒相注”而成，號曰癘氣，但挾鬼毒，尚未完全脫離鬼神為病之迷信觀點。而《諸病源候論》已不滿足以外感六淫說明外感病之病將傷寒、溫病、時行均明確歸因于人感受“乖戾之氣”而致病，氣候之溫涼失節是一個誘因，并認識到這些病之有傳染性。

　　（二）蟲致病學說
　　蟲，作為病因之一，前人多指肉眼可見之蟲類咬螫所引起者。如蜈蚣螫傷，蜂叮咬之類，隋唐醫家對諸如尸注、鬼疰、麻風等病均認為是“蟲”引起之病，這就超越前人認識的廣度和深度，而賦于“蟲”說更深更新的意義。
　　對尸注、死注、飛尸、鬼疰等病（類似今之肺結核病），《諸病源候論》認為是因“人無問小大，腹內皆有尸蟲。尸蟲為性忌惡，多接引外邪，共為患害”（同①卷47，P，250）而致。作者相信，尸注、鬼注等病都因有“尸蟲”客觀存在而致。蟲之由來，則為“人有病注死者，人至其家，染病與死者相似，遂至于死，復易旁人，故謂之死注”，很明顯，這是接觸傳染所致；“人死三年之外，魂神因作風塵，著人成病，則名風注”，這已涉及空氣飛沫傳染：“坐席欽啖，而有外邪惡毒之氣隨飲食入五臟。……故謂之食注”，此為經過飲食等消化道傳染，《諸病源候論》作者通過長期觀察和臨床研究，對尸注等病的傳染途徑作了合乎邏輯的論斷。
　　此外，值得注意的是，他們對疥蟲的逼真描寫，對“寸白蟲候”“蟯蟲候”的科學論斷，都證明他們觀察研究之深入。

　　（三）體質差異學說
　　如則更認識到機體的特異性，《諸病源候論》對于有的人暈車暈船，指出“持由質性自然，非關宿挾病也”（巢元方《諸病濤候論》卷10，P217，P219，人民衛生出版社，1955年），此外還有對漆瘡的敘述等都明確指出由于體質差異，所出現的不同情況。

　　二、注重客觀癥狀的觀察和描述
　　隋唐醫家對病癥的認識顯示了很高的水平，在他們的著作中對疾病癥狀作了客觀而細致深入的描述，并且有所發現，使本時期癥狀學和治療學的水平都達到新的高度。
　　“風為百病之長”，因而歷代醫京都對風病予以重視，隋唐醫家的研究尤為縝密。明顯較前代描述為詳的是風偏枯、風痱、風懿(風癔)，特別是孫思邈將三者并列，反映了他對此病的認識，表明作者已意識到偏枯、風痱、風懿這三種現今被認為是腦血管意外疾患，有其輕重不同的類型，同時，也存在著內在聯系，這是隋唐以前醫籍所未認識的。
　　對虛勞病，《諸病源候論》以七十五論闡述，是歷代醫書述及虛勞最詳細者。所述內容除部分為病后體弱，絕大多數證候均可與結核病的各期或各型相對應，如虛勞盜汗、虛勞骨蒸、虛勞寒熱、虛勞咳嗽、虛勞唾血、嘔血、衄血以及不能食、不得眠等，在肺核初期、浸潤期都可發生；而虛勞兼痢、虛勞秘澀(便秘)、虛勞心腹痛則發生在腸結核時；虛勞癥瘕為腸系膜淋巴結核；虛勞小便難、或小便余瀝、小便白濁、虛勞尿血則為泌尿系結核的常見癥，虛勞無子候則為生殖系結核。虛勞導致無子，這在病因學上也是新發現。而將盜汗、咳嗽、唾血、痢、尿血等均加以虛勞以區別于一般之盜汗、咳嗽諸癥，也屬對虛勞認識之進步，唐代醫家崔知悌《灸骨蒸法國》則曰“骨蒸病者，亦名傳尸，……其為狀也，發干而聳，或聚或分，或腹中有塊，或腦后近下兩邊有小結，多者乃至五六，或夜臥盜汗，夢與鬼交通，雖目視分明而四肢無力，或上氣食少，漸就沉羸，縱延時日，終于溘盡”。（《外臺秘要》卷B，P351～352，人民衛生出版社，1955年），崔氏之論客觀上反映了頸淋巴結核和部淋巴結核之癥狀。
　　唐代辦思邈對附骨疽的論述，從其描述的客觀癥狀看，“如瘡不差，差而復發，骨從孔中出者，名為骨疽”。與現代醫學對好發部位，病程認識，臨床癥狀等基本一致，正因此隋唐醫家能將附骨疽與其他疽病如緩疽、瘭疽及賊風等區別開來，體現了診斷水平的提高。
　　此外，對腳氣病，清渴有證狀亦有詳述。對癭病癥狀“癭上短氣”、“癭上氣胸滿”、“癭氣面腫”（孫思邈《千金要方》卷21，P441，人民衛生出版社，1955年），是中醫文獻中的首載，對反花瘡的描述（巢元方《諸病源候論》卷35，P187，人民衛生出版社，1955年），則是對癌證的最早記載，藺道人的《理傷續斷方》中，首先提出了“破傷風”之病名，使先秦以來諸多形容破傷風的名詞如“傷痙”、“發痙口噤”、“金瘡中風痙”、“金瘡中風角弓反張”等得到了統一，并沿用至今。

　　三、證候分類與鑒別
　　隋唐醫家在描述證候時，都注意到證候的分類，而在合理的分類與同類間的鑒別過程中，認識得到了深化。孫思邈的成就，就反映了這一特點。
　　首先，孫思邈在傷寒證候的整理方面，突出了“方證同條，比類相附”孫思邈又以臟腑辨證法，將證候按臟腑分類。有意思的是孫氏僅取五臟、五腑，這與現比解剖概念相符合。如在肺臟證候中，除一般常見之喘、嗽、肺痿、肺癰、吐膿血、胸背引痛等皆歸于肺臟中敘述外，還將飛尸鬼疰亦歸入肺臟中，飛尸鬼疰類之肺結核，而孫氏將之類證于肺臟，似隱含著他已意識到此病與肺有關。
　　隋唐醫家在以證候分類的同時，也注意同類間的鑒別。如外科的瘭疽(類似今之比膿性指頭炎)和代指（甲溝炎)就放在同一類證中敘述，但作者明確指出二者區別，鑒于當時醫者每多以瘭疽為代指，作者詳細描述其不同證侯，并指出代指有緣爪甲邊結膿之特癥，從而作出明確的鑒別診斷。（孫思邈《備急千金要》卷22，P.106人民衛生出版社1955年），又如賊風和附骨疽，孫思邈詳盡而生動地描述二者之異同，指出賊風痛而無熱，久不化膿和附骨疽痛而壯熱，久則化膿這些特征，令人信服地將兩種性質不同的疾病明確地區別開來，而作出這些鑒別診斷正是隋唐醫家對證候深入研究之結果，給掌握鑒別診斷方面以有益啟迪。

　　四、注意預后分析
　　隋唐醫家還很重觀研究疾病的預后和轉歸，這對于準確地遣方用藥是極有意義的。“治未病”的思想在《黃帝內經》早已提出。而治未病的內涵意義之一，即預知疾病發展的各種可能情況，從而及早預防，促使其向好的方面轉化，力爭阻斷其向不利方面的發展。隋唐醫家繼承了這一光輝思想，提出了種種告誡和防治措施。
　　病由于糖代謝失常，機體抵抗力減弱而易罹感染，并易導致敗血癥之發生。一千四百多年前孫氏即敏銳地觀察及此并提出預防之要，令人嘆服。
　　《諸病源候論》中，同樣也注意到了預后轉歸，如其曰“(黑疸候)黑疸之狀，苦小腹病，身體盡黃，額上反黑，足下熱，大便黑。是夫黃疸、酒疸、女勞疸，久久多變為男疸”，即臨床上出現的諸多黃疸病、酒疸及女勞疸，日久不愈，均可變為黑疸，乃久病及腎，肝腎虛衰，瘀濁內阻之故。此時治病就棘手了。