臺灣，自古即為我國領土不可分割的一部分。殷商時稱之為岱輿、員嶠，先秦稱瀛洲，漢代名曰東醍，三國時期，臺灣被稱之為夷洲。至隋，改夷洲為流求。周煌《琉球國志略》引中山世鑒稱為流虬，源于隋使依萬濤間見臺灣地形如無角虬龍浮水中，始曰流虬。流求一名一直被沿用至宋元時期，其間歷代史書雖在流求的書寫上時有不同，但字音始終未變。如：琉求、留求、琉球等。到明代中葉始改稱為北港、東番，明末改為現名——臺灣。
　　徐懷祖《臺灣隨筆》：“惟明季莆田周嬰著《遠游編》載《東番記》一篇，稱臺灣為臺員。蓋用閩音也”。臺灣一名沿用至今。公元230年，吳主“遣將軍衛溫、諸葛直，將甲士萬人浮海求夷洲……，但得夷洲數千人還”。臺灣與大陸三國時代的吳國已有往來。自此之后，海峽兩岸之文化交流便日益增多，衛生保健習俗之交流與相互影響也得到發展。
　　南宋時澎湖隸屬福建晉江縣，元朝在澎湖設巡檢司，管轄澎湖、臺灣民政，隸屬福建泉州同安縣(今廈門)。1624年為荷蘭侵占，1661年鄭成功收復。1683年，清代在臺置府，屬福建，1885年改建為臺灣省。1895年被日本侵占，1945年抗日勝利后歸還中國，雖然早期之文獻記錄醫藥衛生狀況甚少，但從醫藥衛生民俗之關系史上調查分析，確是源遠流長的。譬如：產婦自食胎盤以求保健的習俗，在臺灣高山族與大陸福建、江浙一帶，同樣盛行，但已不如這種習俗已流傳了幾千年，考《隋書·流求傳》所述“婦人產乳，必食子衣，產后以火自炙，令汗出，五日便平復”，清楚說明海峽兩岸相同之保健習俗，其源在臺灣，而且至少已有一千三百多年的歷史。《隋書》所記：“候草榮枯以為年歲”，“木有楓、栝、樟……果、藥，同于江表”。雖是記其歲時物產，但也充分說明其醫藥之相關性。以下再舉數例衛生保健習俗之相關性，也是很有趣的，雖不能確定其直接的影響關系，但也有助于相關性的理解，譬如：
　　高山族在處理與親屬傳染病的關系時，“不與之共火、共水，或家族避遠之。對天花、赤痢二病，更是必隔離病于遠處，或常棄村、舉社化遷（杜建《臺灣中醫藥縱覽》中國中醫藥科枝出版社1993）。《舊唐書·李德裕》：“江嶺之間，信巫祝，惑鬼怪，有父母兄弟癘者，舉室棄之而去”，又如：高山族喜用菖蒲根擦拭，或服用，以開竅、豁痰、理氣、活血、散風、祛濕等。《神農本草經》與唐宋本草學家、醫學家，對菖蒲作用及使用法之記述，也與之基本相似，或更廣泛。再如高山族在產婦飲食與護理方法方面很重視：產后必先進姜湯，然后進糜粥，數日后給以雞蛋、雞肉，忌食冷水、食豬肉。這種保健習俗恐怕也與大陸之習俗息息相關。李時珍《本草綱目》引用《楊氏產乳方》(按：可能系指《新唐書》之《楊氏歸厚產乳集驗方》)；“產后血滯，沖心不下，生姜五兩，水八升，煮三升，為三服”。再看看李時珍對雞肉入藥之描述：“主治女人崩漏赤白沃，通神，辟不祥”。他還引用李鵬飛、馬益卿的論述，指出“烏雞宜產婦”，“今俗產家，每產后即食雞，啖卵”。如此等等，十分耐人尋味。“土著族向無醫藥……與漢人接觸，始知藥效（張炳補《臺灣省通志》卷八上，臺北，眾文圖書公司，1972引自《臺灣中醫藥縱寬》），或可視之為大陸影響臺灣者多。

　　一、臺灣巫醫時代及原住民醫藥
　　(一)巫醫時代：
　　臺灣巫醫時代主要系指清代早期以前，雖然現代并未絕跡，但早已并非醫療之主要方面。巫醫在臺灣約有兩類，其一是以原住民高山族之巫醫，巫師之原始活動延續下來者為代表。其二是自18世紀以前陸續由大陸移居臺灣之民眾帶去的巫醫或神醫習俗等派生的各神醫療活動。對于前者，即臺灣固有的巫醫習俗，清代乾隆進士，硫球(即臺灣)副使——周煌，曾撰《琉球因志略》，引《徐葆光錄》內容，敘述了當時臺灣的僧、道、巫情況，指出臺灣“無道士、尼姑，惟有僧，亦有男巫、女巫”。可見臺灣由于漢族移住已有僧，而男巫、女巫恐多系原住民之所信奉，臺灣原住民對疾病之認識，在明、清時期及其前，一般以鬼神作崇為主流，從事巫術者頗受族眾之尊敬與信賴，在社會上有著崇高的地位。其除疫、醫療，甚或咒詛以使人病、傷亡者，均賴巫師、女巫為之。
　　黃叔璥(1662～1721)于康熙時曾奉旨巡視臺灣，編撰《臺灣使槎錄》，其中有這樣一段記敘：“莊秀才子洪云，康熙三十八年(1699)……歸家俱病，醫療罔效，后始悟前曾乞火于大杰嶺番婦，必為設向，適郡中有漢人娶番婦者，因求解于婦，隨以口吮鸞夙臍中，各出草一莖，尋愈。番婦自言，初學咒時，坐臥良久，如一樹在前，臥而誦向，樹立死，方為有靈。諸羅志作法詛咒名向”。“擅其技者，多老番婦”。詛咒占卜之巫術等，曾為當局禁止者，故黃氏書稱“近年附郭諸社，畏法不敢為，稍遠則各社皆有”。雖然九族之巫術多有不同，但其形形色色之根本意義并無不同。哈鴻潛教授等已進行了比較系統之論述（哈鴻潛《高田原住民之醫藥考察》《中華醫史雜志》1994，P5～8），鈴木質《臺灣蕃人風俗志》也明確指出：“自古以來，山胞生病或遇到災禍的時候，都認為是神的旨意，所以一旦生病或遇到災禍，必定請巫師厭勝……在山胞之間，醫術與厭勝是無法區分的”。（鈴木質原著，林川夫審定《臺灣蕃人風俗志(探尋原住民的歷史)》武陵出版有限公司1991，P264）。
　　大陸巫醫、神醫習俗傳入臺灣者，主要是福建以及沿海地區民眾移居臺灣省者所帶入。有以醫藥神傳入者，有以醫藥知識傳入演變者，有與醫藥、巫醫相兼而傳者。其傳入之時間已難以確考，現僅就其影響較大而持久者約有以下數則：
　　保生大帝：是臺灣最受崇拜的醫藥神，傳說所供以臺南縣學甲鎮慈濟宮的保生大帝像為最早，原系鄭成功收復臺灣時由福建將宋代的雕像帶到臺灣以供祭祀的遺物。還有一種說法，認為是康熙三十八年(1699)臺灣發生傳染病流行，群醫束手無策，許多來自泉州、漳州的移民，紛紛回到故鄉，將保生大帝的靈身帶到臺灣供人祭拜，病皆治愈。從此，保生大帝就日益為臺灣人民所信奉，建廟祭祀以求保佑之風更為普遍。
　　保生大帝，字華基，號云沖，世尊吳真人。宋太宗興國四年(979)，三月十五日生于福建泉州同安縣白礁鄉。少超悟好學，長以醫濟人，醫術高明，醫德高尚，深受民眾百姓之敬重。仁宗時，皇后病，群醫不效，經吳施治而愈，授御史。景祜三年(1036)逝于鄉。據傳著有《吳本草》。吳逝世后，屢著靈跡，鄉人于白礁鄉建廟紀念。《金門縣志》：“明永樂太后患乳疾，甚劇，醫治不痊，洪熙太子榜求名醫，公化為道士，詣闕視疾……(灸治)遂愈，太子喜，以金謝公，不受，乘白鶴而去，太子知為神醫，爰加封為萬壽無極，保生大帝廟曰保生，概取諸此”。由此，迅速擴及廈門、漳州乃至臺南而遍及全臺。在保生大帝廟多設有藥簽，藥簽還分為大人科、兒科、眼科、外科、婦科等，以大人科之藥簽最多。
　　例如，如南縣大人科有處方120個，其中如：永康保生宮保生大帝。第55首處方藥物組成為：常山、麥冬、檳榔各一錢，柿蒂三錢，水八分煎五分。除藥簽外，保生大帝廟還印有《保生大帝濟世真經》，以及眾多的衛生保健、疾病醫療類書藉等等。例如：《保生大帝濟世真經》開經偈“心是靈泉源遠流，日似河池液生津，遑遑名醫行天尊，古帝神農嘗百草，醫治眾生得康寧，諸邪雜癥療瘡癬，五臟六府相關連……歷代先賢精醫理，扁鵲華佗人所知，保生顯靈中華土，閩境降生報親恩，攻讀詩書志為本，苦研岐黃又求精，替天宣化行大道，名醫救世不逞能，宮中醫好皇族病，世人苦痛多呻吟，貧人增藥不收金，富貴人家求公平，數十年風霜星月，憑經驗醫好萬人，名聲遠播在華夏，仁慈眾知呼名醫”。這種求簽醫治疾病的實質，無疑是唯心主義的，那些處方也經非保生大帝之顯靈，其來源何在？日本吉元昭治先生曾向臺南學甲鎮慈濟宮負責人詢問，回答是“相傳本廟藥簽是很久以前，本地的名醫會集本宮，對各種疾病的處方進行研究，然后用藥簽的形式記錄下來，編成號，擺在保生大帝的神像前，由求簽者向保安大帝求簽，祈求這一醫藥神的明示。據統計，在臺灣各地現有大小保生大帝廟162座（吉元昭治《道教與不老長壽醫學》(中文本)成都出版社1992），最有名的要屬臺北市大龍峒的保安宮（黃得時《保生在帝傳奇》，見《民俗臺灣》第一輯武陵出版有限公司P133～138引自《民俗臺灣雜志》(1943～1945)，也可見吳在臺灣影響之深而廣泛了。
　　神農大帝：是中國傳統醫學不分地區、種族的創始者，千秋供奉的醫藥神。神農嘗百草，一日而遇七十毒，始有醫藥的故事，人所共知，相信此類習俗在閩粵人等移居臺灣時，也帶至臺灣并為其生活中所崇敬，至于建寺廟年年拜祭者似較晚。據說，在臺灣現存最早者為宜蘭的神農宮，始建于清代咸豐元年(1850)，此后相繼建成的以神農大帝作為主神的寺廟，據統計有百余座之多，亦可見臺灣人民對之信仰、崇敬之懇切。據文獻載述，臺北保安宮后殿供奉的神農像，每逢四月二十八日，臺省糧食、臺藥公會、臺北市商公會人員，都要聚集于此，舉行盛大的祭祀活動。有病患者，也有拜祭神農以求安康。
　　浴于河以已疾：臺灣民眾在醫藥尚處于落后時期，多認為疾病系鬼神作祟，故多宰牛、豬以祈禱，或請響婆(即女巫)禳之，也有投河沐浴以治病者。這一習俗雖富有迷信色彩，但其傳說還是有參考價值的。一說為林謙光在清朝平定鄭克垓后撰輯《臺灣紀略》所記：“疾病不足醫，輒浴于河，言大夫置藥水中，濟度諸番，言冬月亦入水澡浴以為快”；一說：“或云明太監三保，航海到臺，見番俗頑冥，棄藥于水，浴可以已疾”。這兩種傳說，均說明其時其地曾有知醫者企圖為原住民醫療的故事，只是因為原住民懷疑其能否有效而拒絕的情況，或許有其一定的事實依據。大夫已不知何人，而三保則是指三保太監鄭和而言。鄭和(1371～1435)，明代宦官，航海家，回族，本姓馬，小字三保，由于其祖與父曾到伊斯蘭教圣地麥加，對外洋有所了解。明初入宮為宦，從燕王起兵，賜姓鄭。永樂三年(1405年)率艦隊通使西洋，共計28年間，七次出國，遠航曾達非洲東岸與紅海海口，促進了中國與亞洲30多個國家的文化交流。鄭和七次下西洋，每次艦隊均由寶船62艘組成，率副使、水手、官兵27800余人，其中包括保健醫生百余人。這個故事至少說明人門對醫藥的追思與幻想，或對未能得到醫藥知識有悔心情的一種補償性紀念，以求神靈的保護。沐浴雖不能治愈疾病，但作為衛生保健無疑是良好的習慣。重要的是這種信念是一種非常有效的心理治療，其作用或不可否認。
　　乩童、扶鸞之神諭：臺灣有關醫療保健方面的教諭，大多來自孫思邈(真人)、華佗、莊周、保生大帝、文衡圣帝(關羽)等古代名醫或所崇敬的神祗。唐宋以來，閩粵沿海一帶零散移居臺灣者不計其數，僅就有據可考者，如明末天啟(1621～1627)時，大陸流民大批移入，鄭芝龍就曾有組織的將福建饑民數萬人移居臺灣，至公元1660年，大陸移居臺灣者已達十萬人。鄭成功于公元1661年率令數萬官兵在臺南登陸，向荷蘭殖民者重申：臺灣一向屬于中國，“自應把它歸還原主”，次年2月1日荷蘭投降。鄭成功視臺灣“以為根本之地‘安頓將領家眷”以及數萬官兵與各類工藝、技術工匠、醫師等，當屬治理臺灣意料中之事，大陸不滿清朝統治者大批移居臺灣。其后，清王朝為了消滅鄭氏在臺的統治，又于公元1683年，命施瑯率戰船三百、水師兩萬，從鄭氏統治下完成了中國的統一大業。并于次年在臺設一府三縣，于臺駐兵八千，澎湖駐兵二千。大陸民眾往臺經商、教育、文化交流等更趨頻繁，中醫學在臺灣傳播更加廣泛。據統計，到公元1893年移穆居臺灣大陸民眾已達254萬人。同時，民俗文化、巫術、乩童扶鸞等也迅速在澎湖、臺灣等蔓延，信民也日益增多，寺廟也多有興建，如在臺南古廟內配置之道具即有大人藥簽筒、小孩藥簽筒等。由于幾次數以萬計的有計劃移民，這些移民因原籍之不同，其文化、信仰等自然也有較大的差異。正如黃叔璥于1662～1721年間以御使巡視臺灣時所作習俗調查指出：“臺地民非土著，逋逃之淵藪，五方所雜處，泉之人行乎泉，漳之人行乎漳，江浙兩粵之人，行乎江浙兩粵，未盡同風而異俗”。由此可見，他們所帶到臺灣的民俗文化、醫藥神等等，也有所不同。因而，在其各自的擴展、影響下就形成了種種形似或有區別的民俗、風俗與醫藥神祗等。

　　(二)原住民醫藥
　　早于漢人居住在臺灣的南島民族一般分“平埔族”與“高山族”，后者又由九個民族組成，他們均有自己的生活習性與文化信仰。悠久的原居民醫療活動，也頗具特色。臺灣原住民憑長年積累的經驗使用青草藥治病也很常見，他們用生活周圍可以得到的青草藥治病療傷，外敷或飲用。文獻記載原住民藥用植物有300種，包括治療頭痛、眼病、牙痛、胸痛、腹痛、中毒、痢疾、驅蟲、感冒、喉嚨痛、氣喘、瘧疾、腫瘡、皮膚病、毒蟲咬傷、梅毒、外傷、足痛、毒蛇咬傷、關節灸、生育及傳染病預防等。除了藉巫醫或青草治療一般疾病外，臺灣原住民對傳染病也有一定的認知，并持恐懼心理。對傳染病人采取隔離的辦法，不與之共水、共火或全家族遠避之。遇有天花病人，更必予以隔離或舉家徒遷，甚至棄村舉社他遷以防止傳染。

　　二、臺灣中醫藥學之發展
　　隨著閩粵等沿海省市之人民出于謀生、商貿、文化教育之需要，在明清時期更大批移居臺灣。他們需要醫藥保證其健康，特別是鄭氏父子出于經濟、政治、軍事之需要，多次組織數以萬計的民眾遷居臺灣。清王朝為了統一中國，以軍事手段大兵壓境，逼統治臺灣的鄭成功孫鄭克垓降服。在消滅了鄭氏統治集團后，為了穩定政局之需要，并駐大軍保衛臺灣，期間由大陸移居臺灣者，與日俱增。前后數百年間，先后移居臺灣的福建、廣東、浙江等地人氏至少已逾10萬。其中大部分長期居處臺省，婚娶臺省，與臺原住民通婚嫁娶，最初之不睦已逐漸為和睦大家庭所取代。在這千余年間，特別明末清代中葉前，數以百計的中醫、中藥人員赴臺，中醫藥學也在臺灣各民族醫療保健中逐漸發揮著重要的作用，大陸中醫藥學者遷臺與年俱增。臺產中藥，或經臺灣從東南亞轉手的中藥，不斷以貢、貿方式運往內地；大陸名貴藥材也不時運往臺灣以供中醫醫療用藥之需要。
　　清代，政府與民間設有不少“恤政”機構，其中包括診治與救濟病患者的養濟院，據地方志記載，此期各地均有建立養濟院。如康熙二十三年(1584)臺南、鳳山、諸羅各地均建立養濟院。乾隆元年(1736)彰化建養濟院，收養麻瘋殘疾之人。此外，還有在嘉慶年間鳳山縣、光緒五年(1879)臺北、光緒六年(1880)新竹縣也均建立養濟院。除了養濟院以外，自乾隆后，臺灣尚有普濟堂、養留局、棲留所等之建置，目的也在于收養社會上無人照顧的孤老殘疾者。如道光二十九年(1849)談水廳治東門內(今新竹市)設有回生洞(后改為回春院)，收留無親屬可依之四方行旅病人。除供養外，并加以醫治，死后則為之收埋，中醫藥學在臺灣取得了空前的發展，僅據日本占據臺灣后，公元1897年統計，臺灣中醫藥人員共有1070人。其中博通醫書、講究方脈，有良好的聲譽者29人，以儒學而兼施醫者91人，自稱祖傳世醫97人，其他則為稍有文字素養的一般時醫，占絕大多數。四年后，日本當局于1901年舉辦了中醫考試，申請者更多達2126人，經考試及格者有1097人；還有未經考試而有許可證者650人，以及考試雖不及格而給予同情許可者156人。當時臺灣共有行醫執照的中醫1903人，足可證明臺灣中醫發展之一斑。
　　大陸中醫赴臺與臺灣中醫：由于歷史的原因，譬如最初赴臺之中醫，多出于謀生，或尋求出路，其技術水平并不高明。雖能在臺立腳，而學術未必能使社會注目，故文獻未見有記述者。因此，對早期赴臺行醫者，已很難知其名氏。僅就有關文獻記述，赴臺中醫之最早者可能是沈佺期與沈光文二人。他們于明末在臺的醫療中雖不甚廣泛，但影響不小。
　　沈佺期(1608～1682)，字云佑，號鶴齋，福建南安人。崇幀十六年(1643)進士，授以吏部郎中，精醫藥。明亡南下，經廈門抵臺灣，“監軍曾公從龍，勸其挽成功而卒不見，及成功卒”，以醫術濟臺人，對疾病者不分富貴貧窮，治愈者頗眾，為民眾所敬重。
　　沈光文(1611～1685?)，字文開，號斯庵，浙江鄞縣人。少時以明經貢太學，南明福王元年(1645)曾授太常博士。次年閩師漬，聞桂王立粵中，乃走肇慶，累升太仆少卿。南明桂王永歷三年(1649)，由潮州航海至金門入泉州，遇颶風飄至臺灣。居臺三十余年間，初為鄭成功以客禮見，不署其官。鄭成功死后，子鄭經繼位，光文以賦寓諷，幾遭不測，乃變服為僧而入山，寄寓于高山族人之目加溜灣社。以教讀為生，同時用自己的醫術為當地民眾診治疾病。光文在與當地群眾之相處中，關系十分融洽。”與諸羅(今嘉義)令李麒光輩結社聯詩，著述甚多”，季麒光撰有《臺灣雜記》一書，由于沈光文為避鄭經之迫害，入山教讀，并為民眾醫治疾病，深得群眾的敬重。
　　如果臺灣之中醫在明代，其知名者尚少，那么到清代已大量增加，醫療水平也不斷提高，而且出現了醫方著作，考其原因，除移居臺灣之民眾大量增加(其中包括中醫)外，與明、清重視在臺灣興辦教育，提高臺灣民眾的文化知識，鼓勵高山族上層子弟赴中央攻讀各種文化知識息息相關。所謂：“天子思磨鈍振聵，乃設歲科二試以鼓勵之”，“漸有彬彬文學之風矣”，文化知識的提高，就為學習中醫創造了較好的基礎與客觀條件。同時，由于海峽交通的改善，兩岸醫藥交流也日趨發展，也是臺灣中醫大量增加，醫療水平不斷提高的重要因素。據日本占據臺灣時1897年統計之1070名中醫藥人員分析，認為講究方脈有良好聲譽，或有儒學基礎之醫師，或俱祖傳世醫資格者，共計217人，占20%以上。又據臺灣地方志等所收載之清代至民國初名醫也多達80余人。
　　胡焯猷，字瑞銓。少時以家累，棄儒業醫，康熙(1662～1722)間，渡臺至臺灣淡水，以醫為業，求者頗眾。乾隆時于淡水創建“西云崖”，后改名“明志書院”，廣施義學，開臺北之文風。
　　吳沙(1731～1798)，福建漳浦人，善醫擅長痘疹。中歲來臺，寄居淡水，性俠，與高山族交往密切。嘉慶二年(1797)，高山族三十六社天花流行，死亡甚眾，按其習俗，闔社遷徒。吳沙為其傳授方藥，病者疑而不敢服用，有的病者服用后，痘病多愈，經他治療而痊愈者百數十人。由此，高山族人視之為神，納土謝之。
　　徐麟書（1781～1849），原籍廣東蕉嶺。他出身于六世醫藥世家，從祖上起代代均以經營中藥材商為業，同時以精通醫道為人治病為專長。麒書繼承祖上，對醫藥知識、技術之鉆研勤奮，造詣很深，獨具匠心，對妙劑良方積累發明尤多，頗受世人好評。清道光年間曾被證為太醫院御醫。徐氏因親眼所見清廷腐敗，不愿立身其中，決意遠離京都而赴臺。于臺灣新屋后源柯懸壺行醫，以其高效而醫名漸盛。一時以“和扁再世”之譽而聞名遐邇。他除了忙于診秀外，還將所用妙劑良方編撰成書，名《秘傳醫書》。該書是為后代子孫繼承其醫業而撰，故多經驗心得以及臨證時諸種診療等要點，或可視之為傳世之作，故其子孫世代均繼承其學，名于時。
　　范元成(1844～1922)字瑞嘉，自幼隨父由泉州渡臺，居基隆，潛心于醫術之學習，尤擅外科，名聞遐邇。光緒十年(1884)，法國軍艦侵犯臺灣，臺胞被炮傷者甚眾，元成一一為之悉心救治，被治愈者不計其數，一時醫名鵲起。基隆海防分府局知林源榮，聘元成為官醫；有海軍艦長頸部患奇疾，群醫束手，命在傾刻，經元成診治而愈，船長譽“華佗再世”，欲以重金酬謝，元成拒收。且曰：“乘危取財，甚于盜賊，吾平日引以為戒，予救君豈為是哉”。為此，艦長特聘元成為軍醫，隨艦游歷各埠，及壯年而歸，隱居故鄉，求醫者益眾，名噪一時。惜以“謀生多術，奚必歧黃，非有德者，不可為醫，吾所以不輕授人者，恐乘危取財也”之理論，不原授生帶徒，使其醫術未能傳至后世。
　　防治霍亂、鼠疫等傳染病與黃玉階的貢獻：黃玉階(184～1910)臺灣臺中人。先習漢學，年二十跟隨中醫師李清機學習醫學，后即為人診治疾病，邊學習邊診治疾病，醫術進步很快，約于光緒八年(1882)由臺中遷居臺北懸壺，醫術精良，求診者日眾，加之每多免費施舍，為民眾所敬重。公元1884年臺北地區霍亂流行，死亡甚眾，黃氏精選良方，獨創合劑，診治施藥，治愈者達七、八百人。公元1895年臺北再次霍亂流行，黃氏除施濟合藥診治外，并印發《霍亂吊腳痧》醫書千冊分送全臺。據稱經他治愈者千余人。其后，臺灣鼠疫流行，蔓延數年，其間斑疹也流行很盛，黃氏更加繁忙于診治，均取得顯著成績。特別鼠疫蔓延之勢甚猛，民眾缺乏防治知識，他請求當局準予成立“黑死病治療所”，自任該所主任，號召社會捐款，他自己以身示范捐款500元，對防治工作進行全盤計劃，并編撰《黑死病疙瘩瘟治法新編》，印刷數千冊以遍贈全臺各地，為阻遏疫癥之傳染流行發揮了重要作用。由于他醫術高明，療效顯著，熱心防治等社會公益事業，在民眾中與社會高層均有很高的知名度，為人們所崇敬和尊重，許多醫療機構聘請他作顧問、會長、主任等。例如，臺北縣黑死病治療所醫務囑托、仁濟醫院囑托、檢疫委員、傳染病預防委員、醫生會會長、艋舺保安醫院傳染病隔離所醫務主任等等。他在如此繁忙的治療與社會兼職中，任勞任怨，勤懇奮進，作出了重大貢獻。與此同時，他還很重視學生培養，跟從學習者甚眾，其中尤以葉煉金、尤子樵、王成渠、周儀塏等最為出色。
　　中醫界參與防治臺北十九世紀鼠疫的醫師，還有黃守乾，臺北人，本名鹿港，人稱鹿港乾，是當時臺北又一名知名中醫師，人們譽為臺北中醫界之翹楚，門庭若市，療效卓著，處方用藥只是聊聊數味，且附有藥論，并兼用針灸。日本侵占之初，臺灣地區鼠疫流行，死亡枕藉，他被聘為艋舺(今臺北)傳染病院(今仁濟院)中醫部主任醫師,被他治愈的鼠疫病人甚眾。鼠疫平息后，他仍回寓所行醫，求診者更多。于民國初卒，年近60歲。關于醫學著作，此期尚少。《臺灣雜記》載有：清·黃逢昶《醫方》一書，據稱“臺灣橫山跨海，煙瘴迷漫，忽雨忽睛，濕熱又相乘為患，內地人不合水土，致病亡，愛擬醫方。壬午三月稟請岑宮保刊行，醫人多資調治，板藏臺北府考棚內，后為滇軍取去”，未見。
　　臺灣中醫藥學之發展與普及：明清時期臺灣中醫學雖有顯著進步與發展，而且普及較快，但因醫家忙于診務而很少著作留傳，對其實際狀況也難以得到確切的依據。黃叔璥(17世紀)，清大興人，康熙進士，曾奉命以御使巡視臺灣，撰《臺灣使槎錄》八卷，詳述了他在任職時對臺灣史、地、政治、經貿、民俗等等的調查情況。該書有魯煜序曰：“煜聞先生之言曰：余之訂是編也，凡禽魚草木之細，必驗其形焉，別其色焉，辨其族焉，察其性焉，詢之耆老，詰之醫師，毫厘之疑，靡所不耀，而后即安……先生必務詳審精密。”由此可見黃氏在其著作中關于藥物、醫療病癥的記述當是十分認真的，有著很高的可信性。現將其所述摘引如下，從而可以了解當時臺灣醫藥學發展水平的一個側面。黃叔璥述說：“志載藥材，有內地所不經見者：如斑節草、柏菰、蒜茶菰、穿山龍草、土木瓜、風藤、水燭；亦有志所不載者：如金鎖匙治疳；鈴草、茶匙草、虎咬黃、龍鱗草、四時春、馬蹄香(一名一枝香)、金劍草、龍舌黃、羊耳草、治黃姜、蔚子黃、金子龍、船花、正埔姜、魚簽草、苦麻草、雞骨黃等去風解熱；烏甜葉(一名對面烏)止血；柏子草、半天飛涼血；雞卵藤、宜梧草、萬年薯、撮鼻草治瘋，鴨嘴黃(一名定經草)調經；千里光治目……等。
　　所記述之中草藥共計133種，所治病證種類共計27種。分析27個病種，屬內科雜病者8種，屬外科(包括骨傷、腫瘤)者15種，屬婦科者1種，屬兒科者2種，其他為眼科、喉科各1種。可知臺灣當時依靠中醫藥治療的疾病群狀況，醫師們醫療病種之特點與水平。所記述之藥物絕大多數有臺灣特色或僅只產于臺省者，而病種名目則與內地十分相似，或完全一致（清，黃叔璥《臺灣使槎錄》卷三，叢書集成本，商務印書館1936年），如果將黃氏所記述之藥物，與趙學敏《本草鋼目拾遺》所收錄者作一比較研究，雖然還缺乏完全對應之依據，但也有脈絡可尋，因為，趙氏自稱編撰中主要“參以舊存江閩秘書”。如斑節草，趙氏記述為斑節相思，注明來自《諸羅(今臺灣臺南市之佳里鎮)志》藥用也相仿。又如：豬母菜，《臺灣青草藥》指出即馬齒莧，其藥用也與黃氏所述相同。考黃氏所述虎咬黃、茶匙黃，《臺灣青草藥》認為兩者均是連錢草之別名，實為一物。當是黃氏調查時所誤作兩藥，藥用相當。
　　臺灣在清代已有藥物栽培。周煌《琉球國志略》卷15引蔡文溥《同樂苑八景》之一的“種藥堤”，詩曰，“聞道仙家延壽草，移栽堤上自成叢，莫教劉阮（劉阮：相傳東漢時人，阮肇二人,同入天臺山采藥遇仙人者）長來采，留與君王佐藥籠”。《臺灣青草藥》載：“延齡草，乃因傳說陷人延年益壽”故名。“古時以地下莖煎汁，用以治療胃腸疾病”。
　　此外，黃氏在他的著作中還零星提到一些醫藥知識，例如：“夙山縣有姜，名三保姜，相傳明初三保太監所植，可療百病”，“水沙連荼，在深山中……性極寒，療熱癥最效，每年通事于各番議明，入山培制”，等等。可見黃氏對醫療經驗調查之重視與態度之認真，他或許是一位精通醫藥的官員。

　　三、臺灣與內陸的醫藥交流
　　隋代派員多次至臺“求訪異俗”，如其“藥同于江表”，并詳記臺民“婦人產乳，必食子衣，產后以火自灸(炙)，令汗出，五日便平復”風俗習慣。此俗收入《隋書》、《杜祐通典》等，并由唐·陳藏器正式收入《本草拾遺》，此后多為歷代本草學者所肯定，從而得到廣泛流傳與發展。
　　唐宋時期，有關醫藥交流疏于文獻記載，但官府的、民間的以及酋豪嘗串眾至福建沿海互市或殺掠者時時有之。繼元之后，往來者日眾。公元1372年，明太祖命楊裁以即位建元詔告臺之中山王，中山王派遣弟泰期等隨楊載入朝貢方物，明太祖喜賜大統歷等。從此，中山王多次遣弟向明朝貢物，除馬匹外，多有硫黃、各種藥材等，逐漸擴大到南山王與北山王，均與明朝建立了密切的關系，并各貢方物、藥材等，文化交流日益密切。其間除官府之藥物交流外，1390年還曾發生翻譯屋之結等人私帶乳香十斤、胡椒二百斤被查獲之事，部門官要求“當入官”，明太組則“詔還之”，而且“賜屋之結等六十人鈔各十錠”。可見明朝當局對與臺交往之重視。
　　永樂間(1403～1424)，大陸去臺之百工技藝日新增多。其中自然包括醫師、藥工人員在內。黃叔璥《臺海使槎搓錄》記述此期“百工技藝，有挾一拉以往者，雖徒手無不得食，民爭趣之，永樂間，先后招來”。可見大陸技術人員曾相繼往臺以謀生計與出路。民間商貿也日漸頻繁，而且遠航山東、關東者。例如：“海船多漳、泉商賈，……至山東販賣(臺灣之)粗細碗碟、杉、糖、紙、胡椒、蘇木，回日則載白蠟、紫草、藥材……，至關東販賣烏茶、黃茶……回日則載藥材……”等等。由此可見，兩岸之藥材已互通有無了。
　　鄭和出使西域，隨從費信，曾撰《星槎勝覽》(1436)，他們所記述之臺灣“釀甘蔗為酒。煮海為鹽，能習讀中國書，好古畫、銅器，作詩效唐體”。這是由于明代臺灣之陪臣子弟與凡民之俊秀者，已習讀中國書以備他日長史、通事之用。同時也說明臺灣知識界、官方與大陸幾無差異，公元1591年，臺灣禮官以日本方侵噬鄰境，臺灣不可無王(尚永王卒)，乞令世子速請襲封，于1595年尚寧請襲得皇上仁覆封王。鄭和船隊在臺期間，還將姜移栽夙山(今高維)，故有“夙山縣有姜，名三保姜，相傳明初三保太監所植，可療百病“之說，林謙光《臺灣紀略》記述臺灣當時居民“疾病不足醫，輒浴于河，言大士置藥水中，濟度諸番，云冬月亦入水澡浴以為快”。有傳大士為鄭和者。
　　陳侃，嘉靖進士，奉旨使臺，由于臺海風浪，隨從溺死者數而未果。嘉靖十一年（1532），封尚清為中山王，特遣正使科左給中陳侃，陳侃居臺多時，回來后于1534年撰《使琉球錄》，載乘之船長15丈，闊2.6丈，深1.3丈，分為23艙。其駕舟民140余人。護送軍百余人，翻譯、禮儀、醫生及各色匠役百余人，可見陣勢之壯觀，醫生人等之多，必對臺有較大影響。接待也以“洪武禮制……數代相承，不敢違制”。
　　清代與臺地之文化交流，更加廣泛。特別在18世紀前后之百余年間，禮尚往來、貢物遣使者年年不斷，臺灣已成為福建省的一個府。順治年間，張學禮曾使臺灣，在其《使琉球紀》中說：“補差天文生李光宏、太醫吳燕時，聘請從客陳翼等”、“船上下三層，闊2.2丈、長18丈……兵丁250余名，長隨50余名”，比之明代之乘船更加安全，人員中已不是一般醫生，而是太醫，可見人員索質已有明顯提高。在藥材等交流方面更強調實際需要，康熙五年(1666)，對并非臺灣之土產者免其進貢。康熙二十五年(1686)，臺地向中央貢物中有：丁香30擔，冰片32斤，甜肉豆蔻四甕。鑲金小箱內，裝有丁香油、薔薇油、桂花油備一罐，知其香料藥物之檔次也進一步提高了。臺地之醫療技術，如“臺地村舍后每廣植(蕉)之”指出“性寒，婦人產后，每以蕉果少許，置兒口中，謂能清熱”，“用火炙椰，其油自出，療齒痛凍瘡極放”，也相繼為大陸學者所沿用。如《本草綱目拾遺)引《臺灣使槎錄》資料等，以“椰油”入藥。又該書列香蕉為藥。稱《本草綱目》“于香蕉獨未明晰，今依《粵志》補之”。雖然趙氏敘述香蕉條源于《粵志》，但所述內容與臺地相似，亦可說明其源淵關系是密切的。

　　四、荷蘭據臺時期的醫學
　　荷蘭人于1624年侵入臺灣，為了馴服當地土著居民，協助其開發、掠奪島上資源，借傳教從事其撫化政策，并以醫療作為傳教的先導。荷蘭人入臺之后，修筑熱蘭遮城為己用，城內設有總督官邸、士兵營房、教堂、監獄、庫房和醫院。這個醫院主要從事駐臺荷蘭人的保健醫療。翌年，荷蘭人又在赤嵌(今臺南市一帶)建立市銜、名普羅民遮，將中國人遷往該地，建民居住，并建立倉庫與醫院。西班牙人竅據臺灣僅16年(1626～1642)，在此期間，天主教神父在傳教的同時，以醫學作為接近原居民的工具，為當地人治療瘧疾與天花。這種以商業掠奪為根本目的的醫療事業，隨著荷蘭人及西班牙人撤出臺灣而消失。

　　五、臺灣早期的教會醫學（1865～1895）
　　臺灣如中國本土一樣，現代醫學的開端系來自西方基督教士的醫療。誠如上述，17世紀荷蘭人曾帶進了西方醫學，但當鄭成功驅逐了荷蘭人。西方醫學也隨之消失，至1865年英國醫師馬雅各來臺從事醫療傳教，才將西方醫學再次植入臺灣。19世紀最后的30年是臺灣近代醫學史的關鍵時期。馬雅各、馬偕、蘭大衛是三位最重要的早期教會醫師，他們的醫療活動不限于這時期內，與他門相關的三所醫院，至今仍在為臺灣患者服務。

　　(一)馬雅各和新樓醫院
　　馬雅各醫師(Dr.James Laidlow Maxwell，?～1921)是英國基督教長老會外國宣道會派駐臺灣的第一位宣教士和醫師。其畢業于英國蘇格蘭愛丁堡大學，獲文學士又醫學博士學位。1865年5月與另一牧師偕同中國助手吳水文、黃嘉志等人抵達臺南，在臺南府城西門外設布道所。于6月16日開始傳教及醫療工作。后因故移至打狗旗，設立禮堂及醫館，繼續行醫，并擴充了病房，可容納10名左右住院病人，是為臺灣設立醫院的濫觴。1868年底，馬雅各醫師返回臺南，租借二老街口許宅設立醫館，就是后來的舊樓醫院，此時，馬雅各醫師已諳臺語，并熱心醫療工作，深受患者信任，名聲遠揚，上門求治者很多。

　　(二)馬偕博士與馬偕紀念醫院
　　馬偕博士(Rcv.GcorgeLeslie Mackay，1844～1901)是加拿大人，畢業于美國普林斯頓神學院。1873年作為加拿大長老教會第一位海外宣教師來到臺灣，1872年挑選淡水作為傳教的根據地，先租用了一間民房，醫療工作即在家里進行。當時瘧疾在臺灣肆虐，罹此病者死亡眾多。最為人所恐懼。馬偕當時主要是免費為患者提供治療瘧疾的特效藥——奎寧，被當地人稱為“馬偕白藥水”。各地民眾慕名前來求診者日眾。因房子狹小，不能變付，遂另設醫館。馬偕雖原來并非學醫，但深知醫療對于傳教的重要性。他除了自修醫學以外，邀請淡水五洋行的駐診醫師來醫館協助診療，并傳授醫療技術，在醫療實踐中逐漸積累豐富的醫藥知識和臨床經驗：
　　馬偕博士在醫學上的貢獻除了施療治病，為患者解除病痛之外，最值得一提的是他在林格醫師(Dr.B.S.Ringer)發現人的肺吸蟲后，推定了肺吸蟲的傳染途徑。林格是淡水五大洋行的駐診醫師，也是對馬偕博士醫療工作幫助最大的醫師，曾在馬偕的醫館中服務了7年。林格醫師于1879年在淡水解剖一因主動脈瘤破裂而死的葡萄牙人尸體時，在其肺臟組織中檢出一圓形“豌豆狀”的寄生蟲。該葡人原為廈門曼松醫師(Dr.manson)的病人，遂將該蟲送去求證，曼松認為是吸蟲。翌年，曼松在來自臺灣之福建人患者咳出的紅色痰中檢出蟲卵，因此一并將成蟲與蟲卵送往倫敦之Cobbold請求鑒定，Cobbold認為該蟲為未知之新蟲，在1880年命名為Distomaringeri即今之Paragonimuswestrmani。林格醫師發現首例寄生于人體的肺吸蟲后，馬偕博士便開始尋求“肺吸蟲”侵入人體的原因。發現臺灣民眾嗜食淡水螃蟹而感染的事實。近代寄生蟲學研究證實馬偕博士當初的推斷是正確的。

　　(三)蘭大衛醫師和彰化基督教、醫院
　　蘭大衛醫師(Dr.David Lansborough，1870～1957)是英國人，1890年于格拉斯哥大學畢業，獲文學碩士學位。因立志從容醫療傳教，又送入愛丁堡大學學醫，1895年畢業，獲醫學士學位，同年受英國基督教長老會海外傳道會派遣赴臺灣從事醫療傳教。抵臺之初，蘭大衛在臺南舊樓醫院協助安彼得院長看病，并施行大、小手術。1896年10月前住彰化，會同梅甘霧牧師(Rev.Campbell N.Moody)等設醫館。11月29日即以教會作為診所開始醫療及傳道。當時，醫院沒有固定名稱，彰化地區的人稱之謂“蘭醫館“，外縣市的人則稱它為彰化醫館。醫館的設備極為簡陋，遇到需要開刀的病人，也僅能以竹床當做手術臺，施外科手術。因為沒有護理人員，蘭醫師還要徹夜照顧病人，天又要看門診或騎自行車出診，工作非常辛勞。于蘭大衛醫師手術高明，病人愈來愈多，蘭醫師一人實難付，遂聘請自大社前來協助，還收了五位學生幫助醫療護理工作。此后，每天晚上醫療工作結束后，還要教導學生學習解剖生理等醫學知識。因為受當時社會觀念的限制，不可能解剖尸體，只能用猴子代替，這是臺灣現代醫學教育的開端，他的學生中不乏日后成為一代名醫者，如高在得、顏振聲、林進生、王光膽等人。
　　1912年，已在彰化渡過了17個寒暑的蘭大衛醫師與英籍女宣教師連瑪玉(Miss Majrie Learner)結成連理。婚后，夫婦二人同心協力，不辭勞苦地服務于眾多中國患者。蘭夫人曾有為中國患兒捐獻皮膚的感人事跡。1936年蘭大衛醫師年屆65歲，退休離開了他服務40年的彰化基督教醫院返回英國。

　　六、日本占領時期的臺灣醫學
　　(一)日本占領時期之中醫藥學
　　日本漢方醫學源于中醫藥學，中醫藥學傳入日本已有干余年歷史，在日本曾有過巨大的發展，為日本人民的保健醫療作出了卓越的貢獻。公元1868年，天皇睦仁實行明治維新，在醫藥衛生方面，祟尚追求西方醫學，輕視排斥漢方(即中醫)醫學，取締已有百年歷史的江戶醫學館，停辦漢醫學校、醫學館與醫學所，用西醫課程考試漢方醫師之執業資格。漢方醫界雖盡力進行救亡抗爭，但終因政府支持滅漢興洋而成效甚微。雖然漢方醫界前仆后繼，持續不斷斗爭了半個多世紀，也未能爭取一個合法的地位。
　　日本于1895年占領我臺灣之時，正是日本漢方醫學在政令和法律的強制下，已經失去了繼續公開抗爭的余力。從而步入日本漢方醫學發展史上最黑暗的歷史時期。臺灣中醫界在日本的殖民統治下，雖然也多次請求，但終難逃免被公然取締的命運。臺灣之中醫藥學步入了醫師逐年減少，而藥店、藥業人員逐年增加的畸形發展。本世紀二十年代臺灣，可以執業的合格醫師數雖有上升，這與昭和年間日本漢醫團體之再度崛起，其活動也波及臺灣，有著比較密切的關系，然其最重要的因素還是中華民族對自己傳統醫學信賴的社會基礎。現將日本統治臺灣的三次有關中醫藥統計情況列下：
　　1897年日本占領臺省之統計：當時有中醫1070人，據當局分析，富有聲望者29人，通儒施醫者91人，自稱祖傳者97人，其他均為一般時醫，占80%左右。
　　1901年，日本占領者對臺灣中醫進行考試(按：日本明治維新對其本土之漢方醫生舉行考試，主要考西醫，其目的是將中醫改造成為西醫，為消滅取締中醫的一種手段)，然而申請報考者竟多達2l26人，經過考試及格者仍有1097人之多，可見我臺省中醫界求生存競爭之烈。加上未經考試而有許可證者650人，以及考試不及格但給予同情許可證者156人，因此，臺灣本世紀初，有合格中醫師1903人。此后，日本為了在臺灣推行其消滅中醫的政策，不再舉辦中醫考試，從此，中醫絕了后來者，三十多年間，中醫師只能年年減少，乃至完全消滅。
　　1931年，日本昭和六年末，當局對我臺省各地之醫藥情況進行了比較系統的調查統計，有醫藥人員共3l61人，其中本島人之醫生325人，經營中藥者2519人，經營洋藥者112人；內地人之經營中藥者17人，經營洋藥者179人；外國人之經營中藥者9人，醫生共計325人，僅占藥物經營者2836人的11.5%，而且這些醫生均集中在臺北、新竹、臺中、臺南，而澎湖、花蓮港與臺東竟無醫生，這完全是日本占領者在臺推行其消滅中醫政策的典型惡果。到1945年臺灣回歸時，臺省持有許可證的中醫僅存10人，臺灣中醫瀕臨被消滅的境地已可見一斑了。《臺灣皇漢醫界》第51期編后記稱：“查去年臺灣總督府所謂之全島漢藥業者，有2545人之多，而洋藥業者才有291人也。由是觀之，足悉我臺民之信用漢藥者較之洋藥者尚眾，然與藥最有關聯之醫生，據同年所調僅殘325人而已。靈效之漢藥，鑒近雖有中興之勢，而漢醫竟歸于衰落之途，良可慨也”。
　　臺灣中醫藥界之救亡斗爭：如果說日本占領臺灣之初出于政治之考慮，在消滅中醫方面尚不如在其本土那么明目張膽，臺灣中醫所感受的壓力還不迫切。然而30年過去了，老年中醫相繼離世，而不能有任何后繼者補充，中醫界終于感受到形勢之嚴重，在昭和初日本漢醫學界又一次組織學會，與當局進行救亡斗爭的影響下，也開始組織學會，創辦雜志，動員社會力量，與當局進行說理斗爭，爭取中醫后繼人才的培養與合法地位。
　　在日本統治下的臺灣，約與日本“東洋醫道會”“皇漢醫道會”創立同年，臺灣陳茂通氏等，聯絡東京之醫道會，在臺創設支部，陳任支部長，由東洋醫道會臺灣支部發行《臺灣皇漢醫界》月刊，現僅摘其若干論文之要略，可知臺灣中醫救亡斗爭之狀況與結果，林彭輝以《論漢醫藥將來當有發展可觀》為題指出：漢醫被日本國法禁止，“然島民久信漢醫，慣用漢藥。……”并對當局請愿運動，靡不竭力奮斗，“廢餐忘寢，以期保存國粹”。“所最憾者，政府無設漢醫學校”，”切望當局諸公，早鑒現代之趨勢，俯察下情，急籌設法，俾國粹昌明，共登壽域”。然而終未能對日本當局消滅中醫之既定政策產生任何影響，我臺省中醫因在日本近半個世紀的殖民統治下，已基本上破取締消滅了。
　　隨著時間的推移，中醫已日漸減少，西醫之培養由于受到當局的支持，畢業者漸多，加之日本學者到臺，關注中藥研究者漸多，對于中醫或有倡導中西匯通之研究者，則續有發展。然亦議論多而甚少實際研究者。例如，陳寄生以《漢西醫藥均須研究說》為題，嘆“吾臺精于漢醫者固多，然能取西法參而用之者，寥苦辰星”，他佩服陳好敕“先生不但漢醫精微，對西法之潛心研究，實有出人意外者”，他希望“人人能如好敕先生，則吾臺皇漢醫道之發達，定能昌大其將來世”，在這一思潮影響下，一些中醫由于當局限制消滅中醫的政策所迫，由鉆研中醫學問轉而學習西醫，以謀出路。史實說明，由于當局并無支持之意，這種希望只能成為學者們不能實現的幻想。
　　日據時期臺灣著名中醫師：臺灣在日本侵占之初，中醫隊伍還很壯大，且不乏醫術高明之士。據有關文獻收載綜合其知名者約60人，比明清之知名者高出倍余。現僅舉其代表人物簡介如下：
　　吳得福(?～1895)，臺北大安莊人，吳氏崇尚道教，兼通醫藥，治病多效，名聞鄉里。公元1895年日本派軍侵占臺灣時，他便參加了抗日運動，不幸于同年8月31日為日軍所俘，竟公然被判處死刑。吳得福不堪獄中虐待而自殺。
　　丁寶鋆(1874～1911)，字錫奎，號士莊，賦性聰敏，為人厚道忠誠，勤于攻讀，博采群書，年21歲因反抗日軍占領臺灣，隨兄到泉州避難，適逢晉江科期，乃報名應試，及第庠生。不久，于光緒二十四年(1898)回到臺灣，此時臺灣鼠疫流行，死者甚眾，他觸景傷情，發奮攻讀醫書，得張仲景《傷寒論》與《金匱要略》朝夕誦讀以求明醫之理，其后又鉆研《黃帝內經》與《難經》等經典醫籍，對醫理與臨床診治經驗的積累日豐，治療效果也不斷提高，人謂“手出藥方，多見奇效”。他醫德高尚，不收謝禮，惜年僅37歲而終。
　　黃瑤琨(1874～1925?)，號青華，著名中醫黃玉階之介弟，少時學習岐黃之術，年長后醫術更精，1897年畢業于國語學校第三附屬速成科。后入“本省人醫師養成所”肆業，適逢該校改為醫學校，成為該校的第一屆畢業生，是為臺省人最早的西醫師，任臺北醫院醫務助手，工作三年后辭職，自己開設“日新醫館”。后又任臺中廳員林公醫，于1914年返回臺北，再次在大稻埕懸壺問世，并對地方公益事業多所貢獻。
　　楊棕(1881～1932)，彰化街(今彰化市)人，字炳棕，其高祖于清代中期遷居臺灣鹿港棋盤厝，1888年移居彰化街西門。祖父楊地富，父親楊安坐，均以醫為業。楊棕為安坐之長子，繼承父、祖之遺志，在彰化懸壺濟世，很受群眾敬重，1900年楊棕創辦“楊棕醫院”，求醫者日眾。楊氏醫德高尚，若有貧寒者就醫，不但不收藥費，有時還自備出診轎車往治，甚至遇有不治之病患，死后無力埋葬者，他還贈予棺木等費用。1930年為了滿足需要還擴建貧民病房10余間，收治貧民患者住院治療，改“楊棕醫院”為“璜溪醫院”，擴大了診治范圍，由此名聞遐邇，北至新竹，南到嘉義，叩門求醫者絡繹不絕。
　　尤子樵，臺北人，初學儒，后跟臺灣著名中醫學家黃玉階攻讀岐黃之術，特別對慢性疑難病癥頗多治驗，與當時名醫鹿港乾、葉煉金齊名。尤以婦科、傷寒之病癥，每因中西醫診治罔效者，經他施治多轉危為安，被譽為臺北首屈一指的中醫。
　　許一壺，原籍海南，移居嘉邑之竹林莊。名如棟，早年父母雙亡，稍長即外出游浪，為人司會計事，其間多與方技家交往，虛心請教學習。凡葛洪《肘后方》之書，華佗五禽戲之術，都勤學博采，極意搜尋，務得其要領而后罷。多年的積累，使自己醫療技術日益豐富，求其診治者接踵而至，時人以董奉杏林謄之，醫名大振。由于臺地山嵐瘴氣嚴重，謀財之奸商庸醫不少，劣藥充市，許氏對此十分憤慨。他常說：“人命非可草薦視者，……吾其為韓伯休乎”。對自己所用之藥“非地道者不采置”，更加勤奮情考《神農本草經》、《雷公》遺法，尊古炮制，作到藥精而價廉，頗為人們所崇敬，晚年入山林隱居不出，享年七十有四。

　　(二)日本據臺時期的現代醫學(1895～1945)
　　1894年日本發動對華侵略戰爭，即“甲午戰爭”，迫使清朝廷簽訂了喪權辱國的《馬關條約》，從此臺灣和澎湖列島不幸淪亡，被日本侵略者占據。從1895年開始，臺灣人民在日本殖民者統治下生活了半個世紀。日本統治者出于其殖民利益的需要，對臺灣醫學顯示了一定的關注，形成此時期醫學發展的某些特定環境與狀況。
　　1、醫療衛生行政
　　日本占據臺灣后，設總督府于臺北。在衛生行政方面，分設中央及地方衛生行政機關。初置衛生事務所于臺總督府官房，主管臺灣衛生事務，由民政局內務部警察課掌管保健衛生，由軍部辦理醫事衛生。因官制改訂，幾經變革后，設衛生課隸屬總督府警務局，為中央衛生行政機關，掌管島內一般衛生行政。其主管業務包括：傳染病及地方病、衛生保健、海港檢疫、上水(飲用水)及下水(水溝)和市區及港灣之衛生計劃、醫制及藥制、官公立醫院、取締鴉片及其代用品，有關濟生會及其他施藥事項。地方行政機關有臺北、新竹、臺中、臺南及高維五州及臺東、花蓮港、澎湖三廳，各州警務部置衛生課、各廳警務課置衛生系，以分掌各地方之衛生行政事務。
　　2、醫學教育
　　日本據臺后，總督府于1895年6月20日在臺北大稻埕千秋街創立了臺灣病院(后改稱臺北病院，再改稱臺北醫院)。兩年后，即1897年4月，臺北醫皖院長山口秀高在院內設立醫學講習所，集臺灣子弟約30名施以近代醫學教育，入學者多為日語傳習所畢業生、醫生(中醫師)，及藥店弟子，初期由臺北醫院派醫師四名，藥局人員兩名擔任教學，教授一般課程(物理、化學、數學、地理、歷史、動植物學等)及醫學，此為日本據臺后醫學教育之開始。此試辦之醫學講習所頗具成效，乃于1899年制定總督內醫學校官制，4月正式成立臺灣總督府醫學校。1902年5月11日第一屆本科學生3名畢業。第二屆僅有畢業生1名。第三屆10名。第四屆9名。第五屆增加到23名。其后，年有所增，醫學教育逐漸步上軌道。早期的醫學校沒有屬于自己的醫院，而基于日本殖民主義者對臺灣人的歧視，以日本病人為主體的臺北醫院不開放給臺灣學生做臨床學習，只能由日本教師率領臺灣學生遠路到臺北仁濟院或行旅病人收容所做臨床實習。
　　日本統治臺灣時期所設之最高學府為臺北帝國大學。該校開設之初，只設文政、理農兩學部，至l936年始設立醫學部，以臺灣總督府臺北醫學專門學校校舍改充醫學部之用。1936年1月7日，制定臺北帝國大學醫學部規程，3月23日任命三田定則為該學部第一代部長。臺北帝國大學醫學部的教授多由日本本土各大學教授、副教授中選拔，一部分由臺北醫學專門學校或臺北醫院主任級醫師轉任。杜聰明為臺北帝國大學醫學部中唯一的臺灣人教授，1937年三田定則升任臺北帝國大學總長，由東京帝國大學名謄教授永井潛接任醫學部長。臺北醫院移管，成為臺北帝國大學附屬醫院，小田俊郎任初代院長。
　　1945年8月15日日本投降，10月2日臺灣終于光復。臺北帝國大學由國民政府派員接收，改為“國立臺灣大學”，醫學部改為“醫學院”，由原臺北帝國大學醫學部教授杜聰明任院長。附屬病院改為“附設醫院”，由大陸來臺的陳禮節任院長。
　　3、有關疾病
　　日本占據臺灣后迄大正年代初期，臺灣地區死亡率最高的疾病是瘧疾，每年因瘧疾死亡的人數高達1萬人。其后，逐漸減少。1907年前后，死于肺炎的比率逐漸升高，至1917年肺炎已占臺灣本島死亡原因的首位。其次是下痢腸炎和肺結核。
　　(1)急性傳染病
　　臺灣的急性傳染病有鼠疫、腸傷寒、赤痢、霍亂、天花、流行性腦脊髓膜炎、瘧疾、恙蟲病等。
　　①鼠疫：日本占據臺灣初期，急性傳染病中以鼠疫最為猖厥，1896年臺灣有鼠疫大流行，系由廈門進入安平之帆船帶來此病。安平發生病人40～50名，臺南也有救十名，稍后又經淡水侵入臺北。最先發現此病者為日軍駐臺南部隊二等軍醫村上彌若。他將從病人腺腫液培養出的檢體送往東京軍醫學校教官岡田國太郎請求判定，結果證實此乃Yersin鼠疫桿菌(Yersinia Pestis)，這是首次給日本人檢出之Yersin桿菌。當時尚不明確鼠疫流行與鼠的關系，但鼠疫流行前后老鼠大量死亡這一事實已引起了臺灣和香港的有關人士的注意。同年11月，鼠疫流行仍無止息跡象，也缺乏有效的預防辦法，遂邀請東京帝國大學教授緒方正規、山極勝三郎來臺做細菌病理和臨床研究。在臺北小南門外設立了鼠疫研究室，堀內次雄輔佐工作。他們證實了鼠和人類之鼠疫為同一病原體Yersinia Pestis，而附著于老鼠的吸血昆蟲跳蚤為傳播媒介。于是，遂加強滅鼠以防止鼠疫蔓延。然而，貿易船只的往來，使臺灣的鼠疫一直繼續不斷，流行達22年之久，患者總數達301901人，死者達24104人。
　　②瘧疾：自古以來，臺灣被視為瘴疫之區，人臨其境，多罹病而死。這種情形即使到了19世紀末仍未有改善。其中威脅島民健康最為嚴重者就是瘧疾，當時尚不知瘧疾系由蚊蟲傳播，而相信是由地面升起的瘴氣所引起，故西人來臺者常將睡床架高以防瘴氣。直至1898年，日本占據臺灣的三年后，才由Ronald Ross和Manson證實瘧疾由瘧蚊(Anopheles)蚊傳播。此后一時期內，對Anopheles蚊的研究很多。木下嘉士朗1901年最先報告臺灣有瘧蚊存在。羽鳥重郎在臺北搜集調查蚊蟲并羽化出新種，命名為臺灣瘧蚊。1902年發現四日熱瘧疾原蟲。其后，經研究確定的蚊種類達14種之多。
　　1913年開始防瘧工作，制定了防瘧規則。在特定地點依據實驗資料檢出瘧原蟲保有者，對Anopheles蚊孽生之沼澤、水池、排水溝等撤藥滅蚊。并對全島采血驗出之原蟲保有者，予以奎寧內服治療，1919年在臺灣總督府中央研究所設置了瘧疾治療實驗所。誠如前述，瘧疾曾經是臺灣省死亡率最高的疾病，后因防疫奏效，死亡人數顯著降低，但仍未能根絕。在二次大戰結束之前，瘧疾仍高居臺灣地方病之首。
　　③霍亂：1895年日軍侵入臺灣時，正值霍亂流行，當時澎湖諸島亦有流行。此后，于1902年、1919年及1920年均有大流行，尤以1920年之流行為烈，流行于臺北、臺南及澎湖諸島，病人3836名，死2693名。翌年疫情再燃，流行于臺中以南之西部地區，其后迄1941年有6次局部流行。
　　④天然痘(天花)：與霍亂同樣主要由境外傳入，1906年一月頒布臺灣種痘法后，每年定期施行一次種痘。有發生天然痘的地區，則實施臨時種痘。后仿效日本本土，達十歲時第二次種痘，預防的效果較為顯著。超過500人的流行只有1920年1次而已。所使用的疫苗最初由日本輸入，大正時代由臺灣總督府中央研究所衛生部制造，自給自足，熱帶醫學研究所成立后，使用臺灣水牛制造痘苗以供島內需要。
　　⑤腸傷寒及副傷寒：1905年堀內次雄首次在臺灣本島檢出B型副傷寒桿菌，1907年黑川嘉雄檢出了A型副傷寒桿茵，臺灣的腸傷寒流行迄1905年，每年發生數均在200名以下，但由1912年以后急劇增加，超過1000名。好發于都市、日本人之罹病率高是其特征。總督府衛生課技師下條久馬一與曾田長宗分傷寒桿菌為12型，追究菌型以探討此病感染途徑，有助于防疫。
　　⑥痢疾：臺灣有阿米巴痢疾，稱臺灣痢疾，常會引起肝腫瘍。1905年海軍軍區田代豐吉郎在澎湖島馬公首次檢出痢疾桿茵。總之，痢疾在臺灣未見大流行。自1904年至1941年之間，細菌性痢疾和阿米巴痢疾合計每年有100～600名病人，年間死亡人數最多不到200名，杜聰明及邱添賢研究中藥發現木瓜葉中富有對阿米巴有強烈毒殺作用的有效成分。
　　⑦流行性腦脊髓膜炎：堀內次雄、蒲池佐太最先報告本病。1918年1月，在臺北及各地發生流行，其后20多年間，發生若干散發病人。1923年間，有較大的流行。
　　⑧恙蟲病：根據1911～3943年間的報告，臺灣的恙蟲病人共計3921人，分布于臺北、桃園、新竹、臺中、南投、嘉義、臺南、高雄、屏東、臺東、花蓮、宜蘭、澎湖等13個縣市、蘭嶼及澎佳嶼，1908年在花蓮港廳轄山地發生類似腸傷寒之熱性病人，俗稱木瓜熱。其后在各地發現此病。1914年太魯閣山地日軍討伐隊員多數發病，衛生班之羽鳥重郎進行本病之流行病學及臨床觀察，于1915年在臺灣醫學會雜志上發表文章，稱之為“發疹性腺腫熱”，酷似日本新瀉地方之恙蟲病。1920年新瀉醫科大學之川村麟也和山口正道來臺確認新瀉系恙蟲病毒與臺灣系恙蟲病毒之間成立交叉免疫。臺灣恙蟲病之死亡率為10.7%，遠較日本本土之31.5%～36.8%為低。
　　(2)地方病、寄生蟲病與毒蛇咬傷
　　①甲狀腺腫：此為臺灣廣泛分布的地方病之一，其病因與飲水中鈣含量過高和碘含量過低有關，甲狀腺腫在臺北州濁水溪上游、新竹州大溪一帶、臺中州埔里地方、高雄州、臺東及花蓮港山地均有分布，山地人發生率最高，臺灣本島人次之。
　　②寄生蟲：在臺灣最早發現報導的寄生蟲病為肺吸蟲。英國醫師林格于1879年在淡水發現首例人體肺吸蟲患者，1915年中川幸庵在臺灣新竹發現竹東郡山地部落溪流中的赤蟹及毛蟹為傳染肺吸蟲的第二中間宿主，1917年橫川定證實了淡水螺為肺吸蟲的第一中間宿主。
　　其他一般腸寄生蟲病之感染率很高，蛔蟲、鉤蟲、鞭蟲及蟯蟲最為普遍。
　　③毒蛇咬傷：臺灣島跨熱帶及亞熱帶，四時氣溫高，雨量豐富，草木郁蔥，適合蛇類棲息生長。迄1941年臺灣已發現蛇類51種，其中有15種為毒蛇。島民被毒蛇咬傷，屢見不鮮，因而致死者亦為數不少。根據總督府的調查，1897年至1903年間，全島遭毒蛇咬傷人數為1853人，1901年至1938年間，毒蛇咬傷人數為12645人，死亡者為839人。
　　在臺灣最早開始從事毒蛇之研究者為羽鳥重郎(1904)和山口謹爾(1921)，后來臺北帝國大學藥理學教研室以杜聰明教授為主所展開的蛇毒之藥理學及毒物學的研究為蛇毒之研究開創了新的領域。他和門生的實驗歸結出蛇毒可分為出血性蛇毒與神經性蛇毒。
　　4、醫學人物
　　這一期間，臺灣醫界最杰出的人物是杜聰明博士，杜聰明(1893～1986)，號思牧，生于臺北談水三芝鄉北新莊子，祖籍福建泉州，17歲考入臺灣總督府醫學校，1914年以首席畢業，1916年東渡日本，入京都帝國大學藥物學教室，接受森島庫太教授的指導。于1922年獲得醫學博士學位，為臺灣有史以來獲得博士學位的第一人。1925年12月以臺灣總督府在外研究員身份派赴美、加、英、德、法、意六國進修。1937年任臺北帝國大學教授，擔任藥理學講座。
　　杜聰明教授一生以“樂學至上，研究第一”的精神，專心致力于臺灣的醫學研究，在臺灣產毒蛇及蛇毒之藥理學、鴉片煙及嗎啡類慢性中毒及中藥藥理學的研究等方面，成績卓著，獲得國際聲譽。1939年第13回日本藥理學會在臺灣舉行，由杜聰明任會長。在杜先生領導的臺北醫學專門學校及臺北帝國大學醫學部藥理學教室里培養出很多杰出的藥理學家。1945年日本投降，結束了對臺灣的統治，臺北帝國大學醫學部改稱臺灣大學醫學院，杜聰明出任首任院長，并一手創立了高雄醫學院，為臺灣培養了無數醫學人才，譽為臺灣醫學之父。