(一)《內經》的經理研究：明代治《內經》的醫家頗多，撰有約20種著作，突出者有如下諸種：
　　1、《靈》、《素》合注與發微：馬蒔對《素問》、《靈樞》全部作注，是合注最早的人，《黃帝內經素問注證發微》9卷，以期有補于對《素問》的理解。王冰分《素問》為24卷，馬氏非之，改分為9卷，馬氏注于每篇首有提綱挈領之總論，再逐章逐節逐句注之，頗有發明，亦有望文生義處。
　　2、《靈樞》最早的全注本：馬蒔的《黃帝內經靈樞注證發微》是現存對《靈樞》最早的全注本。馬蒔，以為《靈樞》和《素問》都為9卷，原文悉依宋代史崧本，認為《靈樞》較《素問》更重要，不能視《靈樞》僅為用針之書，指出書中用針方法，都可引伸為用藥之法，不可“泥為用針”之書，這些說法很有道理。此書體例同《素問》注，后世學者認為此書之注在內容上優于《素問》，且屬首創，其功頗宏。
　　3、張景岳的《類經》：張景岳把《內經)重新分類，再予合編，成《類經》一書。全書以《內經》原文為綱，吸取各家醫論，附以個人心得，并對難懂詞句加以通俗解釋，有些議論十分精彩，全書分為攝生、陰陽、藏象、脈色、經絡、標本、氣味、論治、疾病、針刺、運氣、會通共12類，390條。
　　4、小型闡釋《內經》之悴為使人掌握《內經》的基本精神，明代出現了由博返約，提綱挈領，講解《內經》主要現點的著作。由滑壽原注、汪機續注的《讀素問鈔》，是《素問》的節錄注本，刊于1519年，該書分藏象、經度、脈候、病能、攝生、論治、色診、針刺、陰陽、標本、運氣和匯萃12類。汪氏在原注基礎上作了重要補充，是學習《內經》的入門書。
　　李中梓的《內經知要》，執簡馭繁，將《內經》按內容分成道生、陰陽、色診、脈設、藏象、經絡、治則和病能8類。本書除輯錄原文外，結合基礎和臨床加以闡析，內容簡要，條理清晰，選錄切要，講解明白，是便于初學員優秀的選本之一。1764年經薛雪重校加按，更為流行。

　　(二)《難經》的研究：《難經》于明代注家頗多，如王九思等的《難經集注》，馬蒔的《難經正義》，徐述的《難經補注》、姚浚的《難經考誤》，張景皋的《難經直解》，張世賢的《圖注難經》等，王九思的《難經集注》，5卷，系在石右諒、王鼎象、王惟一協助下，于1505年成書，本書屬于集注，集吳時呂廣、唐代楊玄操、宋代丁德用、虞庶、楊康候諸家之注，于每難下臚列諸家之說，歷附說明主要是校正和音釋。該書在保存明代以前的資料上，是有貢獻的。

　　(三)《傷寒論》的研究：明代從事《傷寒論》研究的醫家較多，有著作傳世的也在20家以上。開始強調《傷寒論》編次真偽問題，是這一時期的突出特點。方有執始強調編次謬誤，提出錯簡簡訂之說。以后，張遂辰主張維護原有編次，成為針鋒相對的觀點。到了清代，他們各有一批追隨者，故一般認為傷寒學流派之爭始于明代。
　　明代研究《傷寒論》諸家，涉及內容廣泛。董的《傷寒秘要》重在約論經義；盧之頤的《仲景傷寒論疏鈔金》偏于訂正注家之誤。有些醫家則把重點放在臨床治療上，王肯堂的《傷寒準繩》、張吾仁的《撰集傷寒世驗精法》，從分析病證入手；陳長卿《傷寒五法》從論述治法入手；張介賓的《景岳全書·傷寒典》對諸家方劑進行歸類分析，都有臨床參考價值。明代有人提出傷寒與溫病的區別，如王履的《醫經溯洄集》，強調“感天氣惡毒異氣”的溫病，受到后世的重視。萬全的《傷寒摘錦》、戈維城的《傷寒補天石》都論述了時行疫病的證治。李中梓的《傷寒括要》、陶華《傷寒六書》中的《傷寒一提金》，則屬于普及啟蒙的通俗之作。
　　1、錯簡重訂說的提出：方有執的《傷寒論條辨》，是明代研究《傷寒論》最有影響的著作。他認為張仲景與王叔和僅兩朝相隔，王叔和所撰縱不全是，也不會全非，按王叔和所列篇目看，王氏尤重太陽病，是明于辨證的。世傳《傷寒論》，不合辨證處甚多，太陽三篇尤為混亂。這種編次肯定非叔和方位，乃后世誤人之作。為此，方氏盡二十余年努力，置加考訂，以還叔和之故，通仲景之源。
　　方氏指“傷寒例”一篇為贅附，宜刪，“平脈”、“辨脈”為叔和贊經之辭，當移諸書尾；“平脈”篇題不符實，去其篇名，并入各篇�！秱摋l辨》對六經均有改訂，以太陽篇變動最大。將太陽病衛中風而病者列為上篇，收桂技湯證及其變證為卷一；榮傷于寒而病者為中篇，收麻黃湯證及其變證為卷二；榮衛俱中傷于風寒而病者為下篇，收大青龍湯證及其變證為卷三。其余備篇分為5卷，凡8卷。這種分法由清代喻昌發展成為“三綱鼎立”說。
　　方有執研究《傷寒論》，是有成績的，但《傷寒論》是否因此恢復原貌，又當別論。方氏錯簡重訂主觀上是以“心仲景之心，志仲景之志以求之”。但并未找到錯簡的有力依據。對錯簡重訂說，后世褒貶不一，爭論激烈，并由此形成一個傷寒學術流派。
　　2、維護舊論說的首端：明末張遂辰在其《張卿子傷寒論》中明確提出，維護原有編次，他認為，“仲景之書精入無比，非善讀者免滯于語下”。張氏尊重歷代《傷寒論》研究醫家，謂“諸家論述，各有發明”，書中未貶斥任何一家，認為王叔和的編次只在卷數上與仲景原書不同，成無己的注釋尤稱詳洽。張氏依成氏《注解傷寒論》之編次，自“辨脈”、“平脈”始，至“汗吐下可與不可”先后次序分毫末動，只在分卷上厘為7卷。文后注釋亦以成無已說為主，兼采郭雍、張潔古、龐安常、李東垣、朱丹溪等人之說；張氏雖未明確反對方有執的錯簡重訂說，事實上卻形成相互對立的兩種觀點。他的學生張志聰、張錫駒承襲師說，進行發揮，形成傷寒學中的維護舊論派。

　　二、基礎理論和臨床研究與發展
　　明代醫學在診斷學、病案書寫格式、醫學書籍編著和傳播、醫德論述和醫史研究上，均有較大發展。

　　(一)診斷學的研究與發展
　　明代醫家在診斷上大都強調四診兼備，脈證合參，強調全面掌握材料，抓住綱領，辨證施治。八綱辨證綱領即在明時發育成熟，脫穎而出。在遣方用藥上，強調勿膠執，方應適證，藥宜應病，不能膠執古方以治今病。在舌診、問診、脈診上均有系統論述。
　　1、舌診：明代舌診受到廣泛重視。16世紀下半葉，申斗垣著《傷寒觀舌心法》，是繼元代敖氏《金鏡錄》后又一集大成之作，他臨床經驗豐富，注意舌的觀察，親自給圖，經長期積累，繪出135種舌圖，運用分經、運氣答理論，把舌和證聯系起來，觀舌成為診斷重要依據之一。
　　2、問診：中國醫家歷來重視問診。李梃的《醫學入門》指出，問診必須詳盡，他列出48問，婦人需再加4問，產后又加4問。徐春甫強調四診合參，反對完全依脈辨證。張三錫在《醫學六要》中將李梃的48問，簡化為26問，張介賓又簡化為10問，編成《十向歌》，易記易行，為后世遵行。
　　3、脈診：明代脈學專著甚多，一些類書、全書、方書、本草、臨床�？浦鳎渤＜婕懊}學�，F存脈學著作有：吳昆的《脈語》、李中梓的《診家正眼》等近30種。影響最大的是李時珍的《瀕湖脈學》。
　　《瀕湖脈學》摘取諸家精華，分詳27種脈。對同類異脈鑒別，各種脈象主病，既能博考，又能精研，編成歌訣，便于誦習。李梃的《醫學入門》亦列27種脈，與《瀕湖脈學》相較，少一牢脈，多一大脈，余皆同。徐春甫在《醫學入門捷徑六書》中指出，脈為“元氣之苗，死生吉兇之先見”，是判斷表里虛實的依據，吳昆《脈語》列怪脈12種，較前人多4種。
　　張介賓的《景岳全書》，專列“脈神章”3卷，對脈神、正脈16部、脈之常變等有詳盡論述。李中梓的《診家正眼》，較《瀕湖脈學》增一疾脈，列脈象28種，在《醫宗必讀》中，他列浮沉遲數四脈為綱，以統余脈，長、短、弦脈則列于四綱之外。李中梓認為領會脈象，不能只憑語言，須通過臨床揣摩。
　　4、八綱辨證：八綱辨證，是指導中醫臨床思維的基本原則，它的內容可追溯到《內經》和《傷寒論》。明初樓英在《醫學綱目》中；明確提出八綱，“診病者必先分別氣血、表里、上下、臟腑之分野，以知受病之所在；次察所病虛實、寒熱之邪以治之，務在陰陽不偏頗，臟腑不勝負，補瀉隨宜，適其所病”，1477年，王執中在《東垣先生傷寒正脈》中指出：“治病打字，虛實、陰陽、表里、寒熱八字不分，殺人反掌”。方隅1584年出版的《醫林繩墨·傷寒》中說：“雖后世千萬方論，終難違越矩度，然究其大要，無出乎表、里、虛、實、陰、陽、寒、熱八者而已�！�1624年。張介賓在《景岳全書·陰陽篇》中，認為陰陽是醫道之綱領，診病施治，必先審陰陽。在《景岳全書·六變辨》中又指出：“六變者，表里、寒熱、虛實是也，是即醫中之關鍵。明此六變，萬病皆指諸掌矣”。除缺少八綱辨證的術語外，表述得已十分明確。

　　(二)病案格式的建立
　　病案格式規范化是診斷治療規范化的重要環節，它促進著醫學的進步。明代出現了整理古代病案的專著，提出建立病案格式的具體要求。
　　1、韓懋的“六法兼施”
　　韓懋的《醫通》，提出書寫病歷，要六法兼施。六法指望、聞、問、切，論、治。
　　六法作為填寫醫案的具體要求是：一望形色，如肥瘦、高低、膚色、潤槁，主要看發育狀況、形色神態、有無精神等。二聞聲音，如音質清濁，發音洪細，說話有無氣力等。三問情狀，是問診要求。韓氏提出“八何”，包括時間、地點、病因及治療史。四是切脈理，按三部九候。五是論病原，提出六問，六是治方術，是研究治療措施及效果的。韓氏認為，凡治一病，宜用此式一紙為案，填清年月日及地點，表明風土時令，再望之、聞之、詳問之，以察其外；然后切脈、論斷、處方，確立診斷和治法。各各填注，使病者持紙待續，更換醫生，也有所據，還可使醫生深入思考，做到百發百中。
　　2、吳昆關于病案格式的概括
　　吳昆的《脈語》對病案格式進一步概括，他稱病案為“脈案”，“脈案”一名，流行至今，醫家仍用之。書寫內容分七條：一是時間籍貫姓名，時間占運氣，地點占脈之方宜。二是望診和聞診，包括年齡、體態、神色、語聲等，用以合脈。三是病人的苦樂、病由和發病時間，觀其精神狀態和疾病久暫。四是始發病、治療措施及療效，以為參考。五是晝夜孰甚，寒熱孰多，喜惡何物，是疾病現狀，以辨氣血，察陰陽臟腑，六是寫出病名定診斷，以及診斷的理論根據，區分標本緩急，確定某藏當補，某藏當瀉。七是處方加減及用藥目的，寫清處方原則，藥物配伍方法，令病人了解治病措施，以積極配合治療。吳氏指出，病案后應有醫者簽名，以示負責，使病家驗醫者之工拙。
　　韓氏的“六法兼施”和吳氏的補充，對病案格式規范化起著奠基作用，對醫學發展和后世醫家也有重大影響：

　　三、醫德理論與實踐的發展
　　明代論述醫德的專篇及散在內容，較前代均有增加，涉及到醫學倫理學的諸多方面。許多醫家履行醫德的感人事跡，也為后世留下了楷模。
　　明代是中國醫學倫理學發展的重要時期，出現了許多論述醫德的優秀文獻。李《醫學入門》中的“習醫規格”，對醫生的學習和品德提出明確要求，認為醫德要求概括為一點，就是不欺。徐春甫的《古今醫統》，專列“庸醫”、“時醫”、“名醫”、“論醫”等篇，鞭撻違反醫德的現象。龔信、龔廷賢父子都很重視醫德研究，就醫患關系和醫生行為規范進行了全面論述。
　　陳實功行醫從不求謝，深得病家信任，在《外科正宗》里，提出“五戒十要”。美國1978年出版的《生命倫理百科全書》將其列為古典醫德文獻。
　　孫志宏的《簡明醫毅》中“業醫須知”一篇，要求醫者勿重財利，勿危言珍秘而索重價；對易治病勿故言難療；對難治病勿故言易愈；不可只盡心富家，而忽慢貧家。
　　明代醫德文獻，以醫忌關系為軸心，兼及醫際關系。它既考慮對醫者的要求，又有對患者的提醒，較之西方古代醫德文獻，更為全面。在資本主義萌芽出現的明代，這些文獻的共同特點是反對金錢腐蝕，反對把醫術作為單純謀利的手段，對借醫術敲詐財物的行徑深惡痛絕，強調保持醫學救死扶傷的祟高目的，保持醫學為健康服務的功能。在醫德運行機制上，他們尚停留在醫德現象領域，借因果報應之說，勸人們作陰功之舉，以推動人們對醫德的侍奉。這和他們在醫術范圍內反對巫術和迷信，形成鮮明對照。

　　四、醫史文獻研究
　　(一)散在的醫史資料：明代留有豐富的醫學史料，有不少是散在于各種書籍中的。一是明代編寫的《元史》及明代各個皇帝的《實錄》，多有醫事制度、醫家活動、疾病史等方面的材料。明代各種文件檔案，官方編寫的大型叢書如《永樂大典》等，也是醫學史料的重要來源，二是地方志，常有正史見不到的內容，明代編寫地方志之風甚盛，從清代編寫的《古今圖書集成全錄》所收醫史材料可以看出，大部取材于明代地方志，既有明代以前的醫史資料，也有豐富的明代醫史資料。三是名人文集，宋濂集中的《周漢卿傳》，黃宗羲《南雷文定》中的《張景岳傳》，戴良的《丹溪翁傳》等，他們由于生活于同時代或相近時代，常能得到不可多得的第一手資料，四是筆記小說中常有醫史研究的記載。五是醫家著作，徐春甫的《古今醫統大全》介紹了270多名醫家；李的《醫學入門》敘述了醫學源流，介紹了一些醫家的事跡，孫一奎在《赤水玄珠》中為張仲景、張子和、劉守真等人寫了《張、劉、李、朱、滑六名師小傳》。此外醫學著作自身，它敘述的源流、師承等，均是珍貴的醫史資料。

　　(二)專題醫史著述：最早以《醫史》命名的醫家傳記明代出現了以《醫史》命名的醫家傳記，由李濂撰寫。李氏以古文著名當時，有《醫史》10卷，實為古代醫家傳記，與書名不稱。收錄醫家71人，其中55人來自《左傳》等正史，包括醫和、淳于意以至李杲等，10人采自諸家文集，自宋代張擴迄于張養正，6人為李氏補撰，為張機、王叔和、王冰、葛應雷、戴原禮、王履。傳下附有論述。一般認為此書考核未精，多疏漏。
　　殷仲春的《醫藏書目》，是現存最早的醫學書目。本書于1656年由其孫觀國刻印。生卒年月不詳，書目錄有謬仲淳、陳實功、張三錫諸人之作，可斷定為明末人。此書分類采釋氏之名，分無上、正法、法流、法水、結集、旁通、散圣、玄通、理窟、機在、秘密、普醒、印證、誦法、聲聞、化生、楊肘浸、妙竅、慈保、指歸、法真諸函。每函之前扼要總結，說明本函特點。天上收醫經；正法主要收傷寒著作，但納有東垣及太醫院醫書；普醒收本草；化生主要是婦科書，妙竅主要是針灸書；勞保主要是幼科書。指歸也收《內經》、《難經》。本書編目雖有分類，但互相交錯，不夠清晰，有的分類十分勉強。段氏撰書態度實事求是，未見過完整書籍的，闕疑不書。限于見聞，錯漏仍不少。對了解醫史和醫學目錄學，極有價值。
　　明代的全書、類書、叢書和入門書。
　　明代社會穩定，造紙工業發達，印刷技術進步，交通也較宋金元時期有所發展，為醫學書籍的編撰刊印創造了良好條件，出版了大量的全書、類書、叢書和醫學入門書。
　　明代全書、類書和叢書多由私家收集、整理、編纂和刊印，他們在一些助手幫助下，常殫盡畢生精力。
　　徐春甫的《古今醫統大全》，是搜羅豐富的全書。前7卷屬基礎理論部分，第8至79卷，分病為161門，每病論述較系統全面，除引錄文獻外，附有個人見解。后21卷，為臨床各種及方藥雜論。
　　張介賓的《景岳全書》戴思恭的《證治類廖》、樓英的《醫學綱目》、王綸的《明醫雜著》、龔信的《古今醫鑒》、虞傳的《醫學正傳》、皇甫中的《明醫指掌》、孫一奎的《赤水玄珠》、李梃的《醫學入門》、李中梓的《醫宗必讀》、武之望的《濟陽綱目》，均有全書性質。
　　王肯堂的《證治準繩》是采摭豐富條理分明的類書，收有雜病、傷寒、瘍病、婦科、兒科的理論和方藥，查閱方便，且附作者經驗和見解，受到后世推崇。張三錫的《醫學六要》也有類書性質。
　　明代出現了多種形式的叢書。一類匯集古代醫書，王肯堂輯、吳勉學刊行的《古代醫統正脈全書》最為著名，全書匯刻古代醫書44種，重要著作搜羅殆遍，�？弊屑�，頗多善本。一類是個人著作輯錄，薛己的《薛氏醫案》16種，汪機的《汪石山醫書》8種，萬全的《萬密齋醫書》20種，李中梓的《士材三書》。有些也可說是醫家個人的全書。
　　醫案專輯：明代醫案專輯，首推《名醫類案》。作者窮搜博集，分門別類，并附自己驗案和分析，因切臨床實用，頗受后世歡迎。
　　明代醫家著作中，多附作者驗案，條分縷析，敘述疑難癥的辨析和治療，示人以規矩，明代以醫案命名的獨立著作亦不少。對研究中醫臨床醫學發展特點與規律，對疾病史、診斷治療史的研究，具有參考價值。
　　汪機的《石山醫案》、薛己的《薛己醫案》、孫一奎的《孫東垣醫案》、王肯堂的《王肯堂醫案》在個人醫案中較有影響。他如聶久吾的《奇效醫述》等十余種醫案，都有不少精彩內容。
　　醫學入門書：醫學入門書對培養醫生，進行醫學教育，不可或缺。世醫世代相傳，或師徒相授，對普及醫學知識，有不少限制。棄儒入醫、特別在窮鄉僻壤，更需學醫門徑書。一些醫家注意到這點，所寫醫著，照顧到有經驗者，也顧及自學者。
　　劉純《醫經小學》是明初的醫學入門書。成書于1388年，共6卷。分本草、脈訣、經絡、病機、治法、運氣六部分。引用醫學著作20余種，撮其旨要，以為編次。為初學易記，用四百或七言韻語，間附按語，以為詮釋。
　　李梃的《醫學入門》是在《醫經小學》基礎上編寫的。文體是敘述與韻語相結合，必須記憶部分常用韻語。李氏要求習醫者醫德與醫術并重；這一醫學教育思想，很有價值。本書取材廣泛，內容豐富，是重要的醫學入門書。
　　李中梓的《醫宗必讀》也是有價值的醫學入門書。對初學醫者必須掌握的內容，敘述得簡明、準確、易理解、切實用，很受后學歡迎。